Właściwość miejscowa rejonowych komisji lekarskich jest określana dla funkcjonariuszy, inspektorów i pracowników kontroli skarbowej i wywiadu skarbowego – zgodnie z miejscem pełnienia służby albo pracy, a dla pozostałych osób – zgodnie z miejscem ich zamieszkania.
Na uzasadniony wniosek podmiotu kierującego do komisji lekarskiej lub osoby ubiegającej się o wydanie orzeczenia lekarskiego Centralna Komisja Lekarska może jednak wyrazić zgodę na zmianę właściwości orzekania.
Siedziby i obszary właściwości terytorialnej rejonowych komisji lekarskich określa rozporządzenie ministra spraw wewnętrznych z 19 grudnia 2014 r. w sprawie siedzib i właściwości terytorialnej komisji lekarskich podległych ministrowi właściwemu do spraw wewnętrznych (DzU z 2014 r., poz. 1895). Ustawa o komisjach lekarskich wymienia podmioty kierujące kandydatów, funkcjonariuszy, osoby udzielające pomocy funkcjonariuszom oraz pracownikom wywiadu skarbowego, funkcjonariuszy zwolnionych ze służby, emerytów, rencistów, kandydatów do pracy i pracowników do komisji lekarskich (>patrz tabela 5).
Skierowanie do komisji będzie następowało na formularzu, którego wzór określają odpowiednie rozporządzenia. Chodzi tu np. o rozporządzenie ministra spraw wewnętrznych z 19 grudnia 2014 r. w sprawie wzorów skierowania do komisji lekarskiej podległej ministrowi właściwemu do spraw wewnętrznych stosowanych w Policji, Straży Granicznej, Państwowej Straży Pożarnej i Biurze Ochrony Rządu (DzU z 2014 r., poz. 1897). Odrębne dwa rozporządzenia wydano dla CBA i SW. Zostały one opubliowane w DzU z 2014 r. poz. 1959 i 1982. Termin badania wyznacza komisja lekarska, informując o tym osobę skierowaną i podmiot kierujący. Takiego wezwania lepiej nie ignorować, gdyż, po pierwsze, od 1 stycznia 2015 r. poddanie się badaniom zleconym przez komisję lekarską, w tym również badaniom specjalistycznym, psychologicznym i dodatkowym, jest już obowiązkiem funkcjonariusza wynikającym wprost z ich ustaw pragmatycznych (art. 40a ustawy o Policji, art. 44 ust. 2 ustawy o SG, art. 42 ust. 2b ustawy o PSP, art. 34a ustawy o BOR, art. 63 ust. 1a i 1b ustawy o CBA, art. 111 ust. 2 ustawy o SW). Po drugie zaś, w przypadku nieusprawiedliwionego niestawiennictwa osoby skierowanej przed komisją zawiadamia ona o tym podmiot kierujący. Taka informacja może mieć wpływ na stosunek służbowy funkcjonariusza, gdyż – o ile skierowanie nie nastąpiło na prośbę funkcjonariusza – dwukrotne nieusprawiedliwione niestawiennictwo przed komisją lekarską może stanowić podstawę do jego zwolnienia. Wynika tak z przepisów pragmatycznych, tj.: art. 41 ust. 2 pkt 7a ustawy o Policji, art. 45 ust. 2 pkt 9 ustawy o SG, art. 43 ust. 3 pkt 7 ustawy o PSP, art. 35 ust. 2 pkt 4a ustawy o BOR, art. 64 ust. 2 pkt 6a ustawy CBA, art. 96 ust. 2 pkt 8 ustawy o SW.
Od nieprawomocnego orzeczenia rejonowej komisji lekarskiej osobie badanej lub podmiotowi kierującemu tę osobę do rejonowej komisji lekarskiej przysługuje odwołanie. Powinno być ono wniesione w terminie 14 dni od dnia doręczenia orzeczenia rejonowej komisji lekarskiej za pośrednictwem tej komisji, która orzeczenie wydała. Odwołanie nie wymaga szczegółowego uzasadnienia.