Skarbówka w sposób niekorzystny dla samorządów rozlicza VAT od projektów realizowanych w domach mieszkańców. Uznaje, że VAT trzeba płacić także od dotacji.
Takie stanowisko zajęła w sprawie gminy, która realizuje inwestycje w zakresie odnawialnych źródeł energii. Polegają one na zakupie i montażu instalacji fotowoltaicznych, kolektorów słonecznych, pomp ciepła oraz kotłów na biomasę w budynkach mieszkańców. Gmina otrzymała na ten cel dofinansowanie ze środków UE. Umowy z mieszkańcami przewidują, że po zakończeniu prac montażowych instalacje pozostaną własnością gminy. Mieszkańcy zaś zobowiązują się do zapłaty wynagrodzenia za wykonaną przez gminę usługę modernizacji termoenergetycznej lub elektroenergetycznej, polegającą na udostępnieniu mieszkańcowi instalacji.
Czytaj też: VAT przy projektach fotowoltaicznych - kto jest inwestorem: gmina czy mieszkańcy
Zdaniem gminy podstawę opodatkowania VAT stanowi wyłącznie otrzymywane od mieszkańców wynagrodzenie przewidziane w umowach, pomniejszone o wskazaną w nich kwotę podatku należnego. Gmina uzasadniała, że dotacja ze środków UE nie powinna być wliczana do podstawy opodatkowania świadczonych przez nią usług modernizacji termoenergetycznej i elektroenergetycznej. Nie ma bezwzględnego i bezpośredniego związku z ceną usługi. Na poparcie tej tezy przytoczyła orzecznictwo Naczelnego Sądu Administracyjnego oraz interpretacje podatkowe z lat 2012–2015 r.
Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej zajął jednak inne stanowisko w tej sprawie. Jego zdaniem środki z dotacji mają bezpośredni wpływ na cenę świadczonych przez gminę usług montażu instalacji. Podlegają więc opodatkowaniu na podstawie art. 29a ustawy o VAT. Wyjaśnił, że podstawą opodatkowania inwestycji świadczonych przez gminę na rzecz mieszkańców jest nie tylko kwota należna w postaci wpłat od mieszkańców, ale także środki otrzymane przez gminę od podmiotu trzeciego na realizację projektu.