Powołanie kościelnej Komisji Majątkowej w 1989 roku nie budziło i nie budzi zastrzeżeń konstytucyjnych.
Zamiast działać, jak to pierwotnie zamierzono przez dwa lata, komisja funkcjonowała lat 22. Z czasem zaś zmieniło się otoczenie normatywne. Do 1992 r. nie złożono nawet wszystkich wniosków o zwrot. Postępowania regulacyjne nałożyły się na reformę samorządową. Wyodrębnianie majątkowe gmin uszczuplało pulę państwową („własne" mienie państwa), z której czerpano w postępowaniu regulacyjnym. Ustawodawca przewidział wprawdzie sytuację, że restytucja nastąpi kosztem mienia gminnego (art. 13 ustawy z 10 maja 1990 – Przepisy wprowadzające ustawę o samorządzie terytorialnym i ustawę o pracownikach samorządowych), ale wejście w życie konstytucji (17 października 1997 r.) umocniło pozycję gmin, uznając ich własność za gwarancję przysługującej im konstytucyjnej samodzielności. Konstytucja zapewniała gminom także ochronę sądową w tym zakresie (art. 16 ust. 2, art. 165). Tej sytuacji nie odpowiadał reżim ukształtowany postępowaniem regulacyjnym (ustalony w 1989 r. przez ustawę zwykłą): pozbawiony kontroli sądowej, odwołania od rozstrzygnięcia i nieczyniący gminy stroną postępowania.
Nie spostrzegł tego ustawodawca, a przecież miał zapewnić dostosowanie stanu prawnego do ustawy zasadniczej (art. 236 konstytucji). Sytuację pogorszył fatalny błąd interpretacyjny sądów powszechnych. Jakkolwiek ustawa z 1989 r. wyłączała drogę odwoławczą od rozstrzygnięć Komisji Majątkowej (w stosunkach państwo – Kościół), to bynajmniej nie wykluczała drogi sądowej w celu ochrony praw osób trzecich, których owe rozstrzygnięcia mogły dotyczyć. Natomiast sądy powszechne nagminnie owej ochrony tym osobom odmawiały z powodu rzekomego braku drogi sądowej. Sądy wnioskowały tu a contrario z faktu wyłączenia możliwości odwołania w stosunkach państwo – Kościół, nadając ustawie niekonstytucyjny sens i skutki.
Co gorsza także Naczelny Sąd Administracyjny uznawszy raz w 1991 r., że sam nie ma kognicji kontrolnej (co od biedy można byłoby wówczas akceptować), bezrefleksyjnie powoływał się na własne orzecznictwo z 1991 r. także po wejściu w życie konstytucji.
Po wyroku
Niedawny wyrok Trybunału Konstytucyjnego (TK) z 8 czerwca (K 3/09; DzU nr 129, poz. 748) za niekonstytucyjne uznał upoważnienie ustawy do wydania rozporządzenia. Ustawa bowiem nie zawierała żadnych wskazówek co do treści rozporządzenia, które tym sposobem stało się aktem samoistnym. W orzecznictwie TK jest ustalone, że utrata mocy obowiązującej przez przepis ustawowy stanowiący podstawę wydania rozporządzenia pociąga za sobą utratę mocy obowiązującej samego rozporządzenia i że nawet występuje to „automatycznie". Po wyroku z 8 czerwca, od daty ogłoszenia tego orzeczenia, rozporządzenie Rady Ministrów z 21 grudnia 1990 r. w sprawie wyłączania nieruchomości zamiennych lub nakładania obowiązku zapłaty odszkodowania na rzecz kościelnych osób prawnych należy traktować jako niekonstytucyjne. Sądy z mocy art. 8 i art. 178 konstytucji po 8 czerwca 2011 r. wręcz nie mogą wiązać ze wspomnianym rozporządzeniem żadnych skutków prawnych.