Od Prawobrzeża do Lewobrzeża
Pułkownicy z Prawobrzeża szybko zdali sobie sprawę z utraty resztek samodzielności „państwa kozackiego”. Nic więc dziwnego, że kiedy na Ukrainę wkroczyły wojska koronne, a armie cara zaczęły ponosić porażkę za porażką, wojsko zaporoskie w listopadzie 1660 roku pod Cudnowem przeszło na stronę króla Jana Kazimierza, zawierając z nim nową ugodę.
Jednak lewobrzeżna Ukraina pozostała wierna carowi. Jerzy Chmielnicki na początku 1663 roku na radzie w Korsuniu zrzekł się buławy i wstąpił do klasztoru, przyjmując imię Gedeon.
Na zwołanej w Czehryniu w styczniu 1663 roku radzie kozackiej wybrano nowego hetmana – Pawła Teterę, który podobnie jak Wyhowski stawiał na współpracę z Polską i Chanatem oraz opowiadał się za kontynuowaniem działań przeciwko Moskwie i jej kozackim stronnikom. Nowy hetman nie zdołał podporządkować sobie Zadnieprza, gdzie od 1661 roku trwała walka o buławę między Jakimem Somkiem a pułkownikiem niżyńskim Wasylem Zołotarenkiem. Nie ufając im obu, Moskwa postawiła jednak na mającego ogromne poparcie czerni i deklarującego wierność carowi Iwana Brzuchowieckiego. Na krwawej radzie pod Niżynem pod koniec czerwca 1663 roku w obecności wojsk moskiewskich rzesze czerni obwołały go nowym hetmanem Lewobrzeża. Rozpoczęła się rywalizacja pomiędzy obiema Kozaczyznami, tj. Prawobrzeżem, gdzie większe wpływy miał Tetera, a Lewobrzeżem, gdzie władzę zdobył Brzuchowiecki. Sytuację tę mogła zmienić wielka wyprawa wojsk polsko-litewskich na Moskwę, której celem było zmuszenie cara do zwrotu Zadnieprza Rzeczypospolitej. Jednak wyprawa zakończyła się fiaskiem.
W tym samym czasie na Prawobrzeżu wybuchło powstanie przeciwko polskiemu panowaniu i hetmanowi Teterze. Krwawość walk z powstańcami, rozstrzelanie popularnego wśród Kozaków Wyhowskiego 27 marca 1664 roku, wymuszenie przez szlachtę zgody na powrót do dóbr na Ukrainie odstręczały od orientacji propolskiej nawet gorących jej zwolenników. Zamieszanie panujące w tym rejonie powiększyło włączenie się do walki Iwana Brzuchowieckiego. Rezultatem działań wojennych było wyniszczenie ogromnych terenów Ukrainy i utrata przez Teterę wpływów na Prawobrzeżu. Z chwilą, gdy w 1665 roku oddziały koronne zostały wycofane z Ukrainy, a Rzecząpospolitą wstrząsnął rokosz Lubomirskiego, losy hetmana zaporoskiego były przesądzone. Zdając sobie sprawę ze słabości własnych sił, opuścił on ostatecznie w lipcu 1665 roku Ukrainę, udając się do swoich dóbr na Wołyniu.
Po wycofaniu się wojsk koronnych władzę nad Prawobrzeżem zdobył Piotr Doroszenko, który spróbował rozszerzyć swoje wpływy na Zadnieprze. W grudniu 1665 roku podpisał on tzw. artykuły moskiewskie, znacznie ograniczające wolności kozackie oraz praktycznie likwidujące autonomię Kozaczyzny w ramach państwa moskiewskiego. Stąd coraz większe znaczenie wśród Zaporożców zdobywała idea wskrzeszenia państwa kozackiego, niezależnego i od Moskwy, i od Rzeczypospolitej.
Doroszenko, korzystając z polsko-moskiewskich rozmów pokojowych, nawiązał stosunki z ordą i wraz z Tatarami chana Aadila Gereja uderzył na rozłożone na leżach chorągwie polskie pod komendą regimentarza Sebastiana Machowskiego. 10 listopada 1666 roku pod Ścianą i Braiłowem gros sił polskich zostało rozbitych, a sam Machowski znalazł się w niewoli.
Rozbiór Ukrainy
Była to odpowiedź na nowy układ w Europie Środkowo-Wschodniej, jaki zarysował się po podpisaniu przez Moskwę i Warszawę porozumienia andruszowskiego (oficjalnie zaprzysiężonego 30 stycznia 1667 roku). Na jego mocy zawarto rozejm na 13 i pół roku, tj. do czerwca 1680 roku, a Rzeczpospolita musiała oddać carowi Smoleńszczyznę, Siewierszczyznę, Czernihowszczyznę oraz Lewobrzeże z Kijowem, który jednak po dwóch latach miał powrócić do Rzeczypospolitej. Ukraina została podzielona na dwie części, prawobrzeżną (polską) oraz lewobrzeżną (moskiewską), a Sicz Zaporoską oddano pod opiekę obu monarchów. Kreml, wykorzystując trudne położenie Rzeczypospolitej, nigdy nie zwrócił Kijowa. Zawarty w 1686 roku pokój Grzymułtowskiego ostatecznie przysądził go Moskwie. Pozostał on w jej posiadaniu aż do XX wieku.
Układ andruszowski nie przyniósł spokoju tej krainie. Obie strony dążyły do zjednoczenia całego terytorium pod swoją władzą. Do walki włączyła się też Turcja. Kozaczyzna nie zapomniała jednak o marzeniu Chmielnickiego o zbudowaniu silnego państwa nad Dnieprem. Próbowali i Doroszenko, i Iwan Mazepa. Bezskutecznie.
Z zawieruchy zwycięsko wyszła Moskwa, która mocną nogą stanęła na Zadnieprzu i w Kijowie. Rzeczpospolita odzyskała część Ukrainy, ale z rywalizacji wyszła osłabiona. Kozaczyzna zaś spadła do roli przedmiotu polityki. 100 lat później Moskwa, która tak zręcznie w drugiej połowie XVII wieku szermowała hasłami o wspólnej z Kozakami walce w obronie religii prawosławnej i krwi chrześcijańskiej, zlikwidowała ostatecznie Kozaczyznę na Ukrainie. Rzeczpospolita uczyniła to u siebie pod koniec XVII wieku.