„Kler” to film nie tylko o pedofilii, lecz również o alkoholizmie duchownych, o zdzierstwie, ale przede wszystkim o oportunistycznej instytucji, która podtrzymuje patologie, toleruje przestępstwa. Jest to fabularyzowany raport o kondycji polskiego kleru. Przypisywana filmowi w mediach ranga potwierdza to przekonanie. Filmowy obraz Kościoła jest porażający. Nie ma w nim duchowości i troski o jakiekolwiek dobro poza własnym interesem i karierą. Widząc tę moralną nędzę można, albo targnąć się na własne życie – jak ksiądz Kukuła, jedna z ofiar Kościoła, albo uwolnić się od niego opuszczając szeregi duchownych. Czyni to inny ksiądz, którego celibat i samotność rzuciły w szpony alkoholizmu. Tak prezentujący się Kościół najlepiej prędko opuścić. Nie jest to bowiem instytucja pożytku publicznego, lecz mafijna korporacja karierowiczów, ludzi nieszczęśliwych oraz dewiantów i ich ofiar.
Film Smarzowskiego realistycznie pokazuje rutynowe czynności szafarza sakramentów, wyłapuje księżowskie automatyzmy, detalicznie wizualizuje kościelną przestrzeń. Kiedy aktor zakłada stułę i ją całuje, to robi to odruchowo niczym prawdziwy ksiądz. Aktorzy odmawiają modlitwy i cytują biblijne wersety, intonują pieśni. Kiedy mówią kazania to czynią to wiarygodnie wyłapując nierzadki księżowski patos. Cała ta zewnętrzność jest pokazana sugestywnie. Reżyser zatrudnił dobrych aktorów potrafiących wcielić się w rolę księży.
Autentyzm filmu wyraża się w obrazie. Przekonująco wygląda księżowska parafialna rutyna, dowcipy i wygłupy. Pomagają w tym bliskie ujęcia z kamery. Gorzej kiedy reżyserowi przychodzi głębiej opisać kreowane postaci. Dla przykładu kiedy Robert Więckiewicz grający księdza Trybusa spowiada, wygląda jak prawdziwy duchowny, jednak to, co mówi zadziwia, zważywszy że widzimy postać, która ma sumienie. Reżyser bowiem nie wiadomo dlaczego każe mu wypytywać ministranta czy ten się masturbuje. Gdyby w filmie pytanie padło z ust pedofila lub molestanta, byłoby to zrozumiałe. Ale tak nie jest. Czyni to nieszczęśliwy duchowny, który radzi ministrantowi by się nie przejmował. Trudno stwierdzić, ale może ten dialog był właśnie po to, aby pokazać że to „ludzki ksiądz”. Trybus mieszka na wsi, jego kościół stoi prawie w szczerym polu, regularnie spotyka się z młodą parafianką, razem sypiają, ona zachodzi w ciążę. Dlaczego łamie celibat? Z niezaspokojonej potrzeby bliskości, z męskiej potrzeby bycia z kobietą, z samotności? Poczucie, że celibat nie jest dla niego, sprawia, że popada w konflikt z samym sobą i pije na umór. Jest to bohater nieszczęśliwy. Celibat i Kościół okazały się dla niego życiową pułapką. Ksiądz ostatecznie uświadamia sobie jak destrukcyjne jest jego życie i dlatego porzuca stan kapłański. Razem z kobietą i dzieckiem wprowadza się do skromnego mieszkania już nie jako ksiądz, ale wolny człowiek. To spóźniony początek prawdziwego życia. Widz nie ma wątpliwości, że podjął dojrzałą decyzję, ten mężczyzna wreszcie dorósł.
Smarzowski dotyka tu ważnego tematu. Celibat przyjmowany jest przez kandydatów do kapłaństwa dobrowolnie, jednak czy życie nie pokazuje, że część księży sobie z nim nie radzi – łamią go lub nie umieją go pozytywnie przeżyć. Czy to jest zawsze wina tych ludzi, czy może nieradzenie sobie z celibatem wynika z przeszacowania emocjonalnych i duchowych dyspozycji kandydata do kapłaństwa? Czy duchowni nie są zwykłymi ludźmi i czy nie dlatego czasami upadają? Czy potępiając z góry wszystkich nie rzucamy kamieniem, choć sami niej jesteśmy bez grzechu? Sugestywny przekaz filmu mógłby sprawić, że te pytania stałyby się ważne. Reżyser nie stawia ich jednak przed widzem, lecz po prostu mówi: celibat może prowadzić do destrukcji lub na manowce. Kiedy kochanka mówi księdzu, że jest w ciąży ten bez skrupułów każe ją usunąć. Film nie opowiada o emocjach, o strachu, o wypieraniu najgłębszych przekonań kiedy żyje się podwójnym życiem. Co więcej, ostatecznie duchowny pokazany jest nie jako osoba zakłamana lecz okłamana i zwiedziona przez Kościół. Smarzowski pomija zagadnienie osobistej odpowiedzialność i moralnego rozrachunku z samym sobą. Reżysera pochłania ukazanie ludzkiego nieszczęścia.
W filmie przedstawiony jest też ksiądz Lisowski (Jacek Braciak) – pedofil, który zgwałcił ministranta. To karierowicz, oportunista, świetnie poruszający się w kościelnej faunie. Chcą go w Watykanie i ostatecznie tam trafia wynajmując luksusową awionetkę. To antybohater zepsuty do szpiku kości. On jednak też jest ofiarą Kościoła. Okazuje się bowiem, że zarówno on, jak i ksiądz Kukuła (Arkadiusz Jakubik) zostali zgwałceni jako dzieci w instytucjach kościelnych. Tego pierwszego skrzywdził wyrostek w placówce wychowawczej prowadzonej przez psychopatyczne zakonnice, ks. Kukuła z kolei przez dawnego duszpasterza Solidarności, który na mszę przyciągał tłumy. Smarzowski opowiada o pedofilii w Kościele, lecz jego narracja jest rysowana węglem, a nie piórkiem. Może sugerować, że księża o skłonnościach pedofilskich nie są ofiarami własnych ojców, krewnych, sąsiadów, nauczycieli, bowiem gwałtów dokonują wyłącznie duchowni lub w dzieją się w instytucjach kościelnych i to one są wylęgarnią pedofilów. Zgwałcone w Kościele dzieci zostają potem księżmi, po to, aby gwałcić inne dzieci lub żeby poradzić sobie z traumą – tak jak ksiądz Kukuła. Z „Kleru” można wręcz wyciągnąć wniosek, że pedofilia generuje w jakimś stopniu powołania.
Inną ważną postacią w filmie jest arcybiskup Mordowicz (Janusz Gajos) owładnięty ambicją budowy równie gigantycznej co szpetnej świątyni, utrzymujący ścisłe relacje z najwyższymi władzami w państwie. Ceni sobie luksus, jest paternalistyczny, wulgarny, zazdrosny o wpływy. Pod tym względem jest to postać naszkicowana wiarygodnie. Przejmujące są sceny, w których kleryk w upokarzający sposób jest posłuszny i na każde skinienie arcybiskupa przygrywa na akordeonie. Ordynariusz – satrapa i dominator ma wstydliwą słabość: lubi być poniżany seksualnie przez dominujące kobiety. Biskup ma też kilka pozytywów, jest jowialny i bezpośredni, ale najistotniejsze, że kiedy dowiaduje się o gwałcie na dziecku to jest autentycznie wzburzony, do tego stopnia, że postanawia zrobić porządek z księdzem pedofilem. Ten jednak ma na niego obyczajowego haka w postaci taśm z salonu sado-maso, które przekazał mu łasy na wygody prałat. Znikają więc nędzne resztki sumienia, biskup kryje pedofila i zamiata sprawę pod dywan. W tak przedstawionym Kościele nikt się moralnie nie ostaje, bo jest to moloch, który pożera własne dzieci. Wyjątkiem jest eksksiądz Trybus, ale tylko dlatego, że ratuje własną godność opuszczając kościelną instytucję. Kukuła też nie daje się moralnie zniszczyć, ale płaci za to najwyższą cenę, w buncie przeciw zakłamaniu targnie się na własne życie.
