Wchodząca w życie 1 stycznia 2016 r. ustawa z 25 czerwca 2015 r. o zmianie ustawy o samorządzie gminnym oraz niektórych innych ustaw (DzU z 2015 r., poz. 1045) nowelizuje art. 1 ust. 3 pkt 1 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, który w dotychczasowym brzmieniu za zmianę umowy spółki osobowej uważa wniesienie lub podwyższenie wkładu albo podwyższenie kapitału zakładowego, którego wartość powoduje zwiększenie majątku spółki, pożyczkę udzieloną spółce przez wspólnika, dopłaty oraz oddanie przez wspólnika spółce rzeczy lub praw majątkowych do nieodpłatnego używania. Z nowelizowanego przepisu usunięto sformułowanie „albo podwyższenie kapitału zakładowego". To samo dotyczy zmiany dotychczasowej treści punktu 3 tego samego art. 1 ust. 3, dotyczącej przekształceń spółek. Ta pozornie nieistotna zmiana niesie ze sobą jednak olbrzymią zmianę w opodatkowaniu wkładów do spółek komandytowo-akcyjnych, które jako jedyne spółki osobowe mogą mieć kapitał zakładowy.
Obecnie obowiązujące przepisy dotyczące zmiany umowy spółki komandytowo-akcyjnej były przedmiotem wielu kontrowersji, również judykatura prezentowała niejednolite stanowisko w kwestii opodatkowania wkładów do tej spółki. Problem dotyczył włączenia do podstawy opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych agio, czyli nadwyżki ceny emisyjnej wkładów akcjonariusza (akcji) ponad ich wartość nominalną, przelewanej do kapitału zapasowego.
Sprzeczność polskich przepisów z ustawodawstwem unijnym dostrzegł Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej w wyroku z 22 kwietnia 2015 r. w sprawie Multipress (C-357/13), orzekając, że są one niezgodne z dyrektywą Rady Unii Europejskiej 2008/7/WE z 12 lutego 2008 r. dotyczącą podatków pośrednich od gromadzenia kapitałów. Zdaniem Trybunału dyrektywę należy interpretować w ten sposób, że spółkę komandytowo-akcyjną prawa polskiego uznaje się za spółkę kapitałową w rozumieniu owego przepisu, nawet jeśli jedynie część jej kapitału i członków może spełnić przesłanki przewidziane w tym przepisie. Trybunał przyjął, że każda spółka, która spełnia kryteria wymienione w art. 2 ust. 1 lit. b i c dyrektywy kapitałowej 2008/7/WE – niezależnie od jej kwalifikacji w prawie każdego państwa członkowskiego – stanowi spółkę kapitałową na użytek owej dyrektywy. W piśmiennictwie pojawiły się również głosy, że orzeczenie Trybunału ma znacznie bardziej doniosłe skutki w zakresie opodatkowania wkładów do spółki komandytowo-akcyjnej i dotyczy całkowitego zwolnienia tych spółek z podatku od czynności cywilnoprawnych.
W konsekwencji 27 października 2015 r. minister finansów wydał interpretację ogólną nr PL-LM.831.22.2015 w sprawie opodatkowania umowy spółki komandytowo-akcyjnej podatkiem od czynności cywilnoprawnych, w której jednoznacznie odstąpił od wcześniej prezentowanej linii orzeczniczej.
Wydaje się zatem, że sprawa nie powinna budzić już wątpliwości. Niestety, nowelizacja ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych wprowadza w tym zakresie zamęt.