Khashoggi został zamordowany w konsulacie saudyjskim w Stambule 2 października 2018 roku. Saudowie najpierw przekonywali, że dziennikarz opuścił konsulat żywy, potem przyznali, że zginął w trakcie szamotaniny do jakiej doszło w konsulacie. Z prowadzonego przez Turcję śledztwa wynika jednak, że zabójstwo Khashoggiego było zaplanowane. Istnieją poważne podejrzenia, że saudyjski następca tronu wiedział o nim, a być może nawet je zlecił - choć Rijad kategorycznie dementuje, jakoby którykolwiek z członków rodziny królewskiej miał coś wspólnego z tą sprawą.
Teraz "The New York Times" dotarł do informacji amerykańskiego wywiadu, z których wynika, że Salman w 2017 roku miał w rozmowie z doradcą grozić Khashoggiemu śmiercią.
Zdaniem analityków wywiadu takie wypowiedzi wskazywały na to, że saudyjski następca tronu chce, aby dziennikarz, który był publicystą "Washington Post", został zamordowany.
Khashoggi był znany z krytycznego stosunku do saudyjskiego księcia.
Z ustaleń tureckiego śledztwa wynika, że Khashoggi został uduszony, a następnie poćwiartowany i wyniesiony z konsulatu w walizkach. Jego ciała do dziś nie znaleziono.