Ustalono, że zespoły do końca kwietnia wypracują dwustronną umowę i dopiero ona będzie oddana do akceptacji rządu i episkopatu. Później porozumienie zostanie ujęte w formę ustawy i jako projekt rządowy trafi do akceptacji Sejmu. Do tego niezbędna jest jednak zgoda obu stron co do kilku spornych kwestii.
Dotacje czy zadośćuczynienie
Kościół ogromną wagę przywiązuje do wspomnianego wyliczenia, ile otrzymał od państwa na tle tego, co stracił w wyniku nacjonalizacji kościelnych dóbr tzw. martwej ręki. Straty te wynagrodzić miał Fundusz Kościelny powstały w 1950 roku. Biskupi chcą konkretnych liczb, gdyż antyklerykalna propaganda sugeruje, że w ciągu ostatnich sześciu dekad hierarchowie uzyskiwali jakieś gigantyczne dotacje od państwa. Trzeba przypomnieć, że przez pierwsze 40 PRL-owskich lat działania Funduszu opłacano z niego rozmaitych kościelnych kontestatorów wobec biskupów, którzy tworzyli wewnętrzne rozłamy w Kościele. Do 1989 roku w żadnym stopniu Fundusz nie spełniał zadań, do których formalnie został powołany. W miarę normalne działanie Funduszu dotyczy tylko ostatnich 20 lat, gdy ubezpieczano z jego zasobów zakonników i misjonarzy, nieposiadających stałego źródła dochodów, i wydawano dotacje na remont zabytków. Ale i w tym wypadku nie wypłacano jakichś gigantycznych sum. Przykładowo, w 2011 roku Kościół otrzymał od funduszu 89 mln zł, a w roku bieżącym otrzyma 94 mln. Jak na skalę całego budżetu to kwoty niewielkie. Co charakterystyczne, minister Boni do niedawna twierdził, że Kościół już odzyskał większość tego, co stracił po wojnie. Od pewnego czasu, gdy zapoznał się z dokumentami, już tak nie mówi.
Inny, dość dziwaczny argument Boniego na rzecz likwidacji Funduszu to fakt, że „po ponad dwóch dekadach niepodległości nie ma już powodów, żeby polski rząd miał poczucie winy. Sprawy majątkowe w dużym stopniu wyczyszczono" (cytat z „Tygodnika Powszechnego" z 1 kwietnia 2012). Słowa te można było zrozumieć jako tezę, że wolna Polska nie może być obciążana grzechami PRL. Jest to wyjątkowo nieuczciwa logika, gdyż oznaczałaby np., że państwo polskie nie powinno wypłacać pieniędzy inwalidom wojennym i więźniom obozów, bo przecież ich prześladowcami były hitlerowskie Niemcy. Przyjmijmy jednak, że minister administracji i cyfryzacji porzucił już dawny konfrontacyjny ton.
Dwa modele
Kolejnym punktem sporu może być wysokość odpisu. Rząd zaproponował 0,3 proc., podczas gdy Kościół już w pierwszych propozycjach sprzed dwóch lat autorstwa abpa Stanisława Budzika mówił o 1 proc. na Kościoły, obok dotychczasowego 1 proc. na instytucje dobra publicznego. Odpis na poziomie 0,3 proc. jest wyjątkowo niski, gdy porównamy go z podobnymi rozwiązaniami w krajach europejskich. W Hiszpanii np. jest on na poziomie 0,7 proc., we Włoszech 0,8 proc., a na Węgrzech to cały 1 proc. Na jakim poziomie zatrzymają się rozmowy ludzi Kościoła z rządem? Na wszelki wypadek już słychać deklaracje ministra finansów Jacka Rostowskiego, że nie zgadza się on na żadną inną sumę niż 0,3 proc. Dla Kościoła jest to raczej nie do przyjęcia.
Kwestią dyskusji jest także problem wprowadzenia okresu przejściowego lub przyjęcia tzw. modelu włoskiego. Rzecz w tym, że przyjęcie odpisów osób prywatnych na związki wyznaniowe sum płaconych w deklaracjach podatkowych ma jedną słabość: świadomość takiej możliwości dysponowania swoimi pieniędzmi jest wciąż udziałem niewielu. Po prawie dziewięciu latach istnienia takiej prawnej możliwości tylko 37 proc. Polaków z niej korzysta. Co robić, zanim taki odpis nie stanie się przyzwyczajeniem większości wiernych?
Jedni proponują okres przejściowy, w trakcie którego państwo będzie uzupełniało sumę wpłaconą przez wiernych dotacją do odpowiednio wybranego poziomu. W Polsce rząd sugeruje, że takim poziomem mogłoby być 100 mln złotych. Ale możliwy jest i popierany np. przez biskupa Wojciecha Polaka, sekretarza episkopatu tzw. model włoski. W jego ramach przyjmuje się jakąś sumę z budżetu na pokrycie dzieł charytatywnych i społecznych Kościoła. Potem co roku sprawdza się, ilu podatników wypełniło takie dyspozycje, i według procentowych proporcji tej puli przypadającej na określone Kościoły lub fundusz państwowy państwo z budżetu uzupełnia brakujące sumy. I nie musi to oznaczać uprzywilejowania Kościołów, gdyż np. ateiści mogą oddawać swoje 0,8 proc. na rządowy fundusz pomocy ofiarom powodzi czy klęsk żywiołowych.