Gdy prymas Jakub Uchański zastanawiał na początku lat 60. XVI wieku nad zwołaniem synodu narodowego, wzbudził przerażenie nuncjusza papieskiego Giovanniego Commendoniego i kard. Stanisława Hozjusza. Lęk był uzasadniony, możliwość powstania Kościoła narodowego była realna. Przykłady Niemiec, Szwajcarii, Anglii i krajów skandynawskich były zaraźliwe.
W istocie Hozjusz, by zaradzić bolączkom Kościoła ,sprowadził do Polski w 1564 r. jezuitów, którzy stali się najbardziej gorliwymi apostołami kontrreformacyjnych reform wprowadzonych na soborze trydenckim. Uratowali katolicyzm jednak za cenę jego sarmatyzacji, czyli wtopienia go w antyintelektualny etos polskiej szlachty, która zgodnie odwróciła się od nazbyt wymagających nowych reformacyjnych Kościołów. Udało się to przede wszystkim dzięki poparciu władzy królewskiej i wracających do starego wyznania potężnych rodów magnackich z Radziwiłłami na czele.