Jednakże w przypadku osiągnięcia rocznego obrotu dot. czynności objętych stawkami VAT powyżej kwoty 150 000 zł, tj. powyżej tego rocznego limitu obrotu, każda gminna jednostka budżetowa musi aktualnie zarejestrować się dla celów VAT i comiesięcznie lub cokwartalnie zacząć rozliczać podatek VAT. W praktyce niewielka część gminnych jednostek budżetowych to czyni, czyli rejestruje się jako „czynny podatnik VAT" i rozlicza VAT. A to właśnie z uwagi na osiągane niskie roczne obroty wyliczone wyłącznie z czynności objętych stawkami VAT, tj. umów cywilnoprawnych typu: najem, dzierżawa czy refakturowanie kosztów mediów na najemców czy też na inne osoby. W przypadku schronisk młodzieżowych będą się tu liczyły obroty z tytułu krótkotrwałego zakwaterowania objęte 8 proc. stawką VAT. Przy czym szkoły nie wliczają do tego limitu odpłatności uczniów z tytułu korzystania ze stołówek lub internatów. Przedszkola zaś nie wliczają odpłatności rodziców za ponadlimitowy pobyt dziecka w przedszkolu. Czyli obrotów zwolnionych od VAT.
Opcje orzeczeń TSUE
W przypadku gdy na zadane w dniu 5 czerwca 2014r. przez NSA pytanie Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej udzieli odpowiedzi, iż jednostka budżetowa gminy wykonująca czynności w charakterze innym niż organ władzy publicznej, nie może być uznana za podatnika VAT z uwagi na to, iż nie spełnia warunku samodzielności (niezależności) gospodarczej, jednostki te przestaną samodzielnie rozliczać się z VAT z urzędem skarbowym. Będą to natomiast musiały czynić za pośrednictwem własnych gmin.
I co najważniejsze, gminne jednostki budżetowe, które nigdy nie rozliczały VAT (a takich jest zdecydowana większość), będą w powyższej sytuacji też zobowiązane rozliczać się z VAT za pośrednictwem własnych gmin. Będą zatem zmuszone po raz pierwszy zacząć składać cząstkowe deklaracje VAT-7 do własnych gmin z własnych czynności opodatkowanych podatkiem VAT, czyli od zawieranych przez siebie (ale w imieniu gminy) umów cywilnoprawnych. I deklarować zarówno obrót opodatkowany stawkami VAT, jak i opodatkowany zwolnieniem od VAT.
Druga możliwość wydania orzeczenia przez Trybunał to taka, że TSUE przyzna rację polskiemu fiskusowi i wszystko pozostanie po staremu. Czyli każda gmina w kraju i każda gminna jednostka budżetowa będą nadal samodzielnymi i odrębnymi od siebie podatnikami VAT. Oznaczało to będzie, iż tak jak do tej pory będą wśród gminnych jednostek budżetowych dwie grupy podatników VAT. Po pierwsze: grupa jednostek budżetowych zarejestrowanych jako czynni podatnicy VAT, czyli rozliczających VAT na podstawie składanych deklaracji VAT-7 z własnymi danymi identyfikacyjnymi. Po drugie: grupa jednostek budżetowych niezarejestrowanych i nierozliczających VAT, czyli zwolnionych podmiotowo od VAT (zgodnie z art. 113 ust. 1 i 9 ustawy o VAT). Przy czym tych drugich będzie zdecydowanie więcej (tak zresztą, jak to jest do tej pory).
Jest także trzecia możliwość, a mianowicie Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej może w ogóle nie wydać werdyktu merytorycznego, tj. nie ustosunkować się do sprawy. Na taką możliwość pośrednio wskazuje wyrok NSA z 10 września 2013r. (sygn. akt I FSK 700/12) dot. konsolidacji w podatku VAT Gminy P.