Ograniczenie w wydawaniu zezwoleń ponad 1 proc. pozostało. Jednak jego obecne rozumienie jest w opinii działaczy walczących z sieciami nieprawidłowe. Ich zdaniem powinno ono prowadzić do cofnięcia zezwolenia, gdy apteka, a raczej spółka, która ją prowadzi, zostanie sprzedana i zostanie przekroczony limit dla grupy kapitałowej. Prawo farmaceutyczne nie przewiduje jednak zamykania aptek w takich przypadkach. W ciągu 15 lat od wprowadzenia przepisu o ograniczeniu wydawania zezwoleń powyżej 1 proc. nie zamknięto na jego podstawie ani jednej apteki. Zwolennicy „używania" 1 proc. do zamykania aptek zamykają na ten fakt oczy i co jakiś czas przekonują, że taki cel – czyli odbieranie zezwoleń – przyświecał ustawodawcy w 2004 r. Nie zauważają jednak, że oparcie restrykcyjnych działań organów państwa na domniemanych intencjach, a nie na przepisach prawa, nie ma w państwie prawa uzasadnienia. Nie zauważają również, że jest różnica między utworzeniem apteki a nabyciem istniejącej, kiedy nie wydaje się nowego zezwolenia i ogólna liczba aptek się nie zmienia.
Rzut kostką i efekt spirali
Analizy prawne zwracają również uwagę na to, że jeśli mielibyśmy się zgodzić z forsowaną przez korporację wykładnią przepisów prawa farmaceutycznego, a przekroczenie liczby aptek dotyczy kilku przedsiębiorców należących do grupy kapitałowej, to problemem byłoby wskazanie, któremu przedsiębiorcy należałoby odebrać aptekę, a jeśli ma ich kilka, to także którą z nich. Brak przepisów, które pozwoliłyby rozwiązać ten problem, jest dla większości prawników koronnym dowodem na to, że celem ustawy nie jest cofanie zezwoleń w takich przypadkach. Należy zwrócić także uwagę na niebezpieczeństwo życzeniowego myślenia przedstawicieli korporacji aptekarskiej, polegające na zmiennej podstawie obliczania limitu 1 proc., powodującej efekt spirali. Według publicznie dostępnych danych w 2018 r. liczba aptek spadła o ponad 500, a w 2019 r. należy się spodziewać zamknięcia kolejnych 600. W ten sposób w limit 1 proc. wpadają przedsiębiorcy, którzy dotąd go nie przekraczali. To, według aptekarskiej logiki, spowoduje konieczność zamykania kolejnych aptek, aż do zamknięcia ostatniej.
Jednoznaczne stanowiska ministerstw
Ministerstwo Zdrowia dwukrotnie przygotowało projekty nowelizacji prawa farmaceutycznego, które przewidywały zakaz prowadzenia na terenie województwa więcej niż 1 proc. aptek przez przedsiębiorcę lub grupę kapitałową. Pierwszy w 2007 r. (projekt z 8 maja 2007 r., druk sejmowy 1775), drugi w 2008 r. (pismo ministra zdrowia, znak MZ-PL-462-6724-27/MZ/08, z 4 listopada 2008 r.). Chodziło o to, aby stworzyć podstawę do cofnięcia zezwolenia. Jednak projekty zostały wycofane z prac legislacyjnych wskutek dużej ilości krytycznych uwag organów administracji. Prezes UOKiK (pismo prezesa UOKiK z 3 grudnia 2008 r., znak DPR-0799-2(14)/08/EU, s. 3–4) stwierdził: „Zaproponowany zakaz (...) posiadania (także w zakresie grupy kapitałowej) więcej niż 1 proc. łącznie aptek ogólnodostępnych na terenie danego województwa należy jednoznacznie zakwestionować. Należy podkreślić, iż wprowadzenie takiego zakazu nie znajduje żadnych podstaw. Wprowadzenie takiej regulacji, po pierwsze, nie będzie chronić konsumentów przed ekonomiczną eksploatacją przez dominantów rynkowych, ale również przyczyni się do ograniczenia możliwości ekspansji efektywnym przedsiębiorcom, co niewątpliwie skutkować będzie wyższymi cenami. (...) Zaproponowana w takiej postaci regulacja niewątpliwie chronić raczej będzie mniej przedsiębiorczych właścicieli aptek, którzy nie muszą się obawiać, iż na ich rynku pojawi się szczególnie efektywny konkurent, korzystający z efektów skali, który świadczyłby swoje usługi po niższych cenach i w lepszej jakości".
Sprawa była przedmiotem co najmniej dwóch interpelacji poselskich. W odpowiedzi z 6 września 2012 r. na interpelację nr 7736 minister zdrowia wskazał, że „brak jest przeszkód, aby ten sam przedsiębiorca albo podmioty przez niego kontrolowane w sposób bezpośredni lub pośredni, w szczególności podmioty zależne w rozumieniu przepisów o ochronie konkurencji i konsumentów, prowadziły łącznie więcej niż 1 proc. aptek ogólnodostępnych zlokalizowanych na terenie danego województwa, pod warunkiem że prowadzą te apteki na podstawie zezwoleń wydanych zgodnie z obowiązującymi przepisami".
W odpowiedzi ministra zdrowia z 21 maja 2018 r. na interpelację nr 18802 stwierdza się, że „wykładnia językowa przepisów art. 99 ust. 3 pkt 2 i 3 u.p.f. wskazuje jednoznacznie, że znajdują one zastosowanie wyłącznie na etapie postępowania administracyjnego w przedmiocie udzielenia zezwolenia na prowadzenie apteki. Nie można wywieść z treści tych przepisów prawa organu udzielającego zezwolenie do ich zastosowania w następstwie zmiany okoliczności faktycznych, które nastąpiły po jego wydaniu".
Wyroki NSA
Nieprawidłowość działań nadzoru farmaceutycznego zmierzających do zamykania aptek z powodu przekroczenia 1 proc. została stwierdzona co najmniej trzykrotnie w wyrokach Naczelnego Sądu Administracyjnego. W wyroku z 26 czerwca 2008 r. (II GSK 201/08) wydanym w sprawie dotyczącej punktów aptecznych, NSA jednoznacznie zakwestionował możliwość stosowania art. 99 ust. 3 prawa farmaceutycznego do sytuacji, które nie zostały w nim w sposób wyraźny uregulowane: „Wykładnia ta nie może jednak sprowadzać się do nadania przepisowi art. 99 ust. 3 pkt 2 prawa farmaceutycznego nowego brzmienia, gdyż wówczas przepis ten utraciłby swój zasadniczy charakter".