Kolejny etap ich dziejów trwał 30 tysięcy lat. Przez ten czas obie grupy pozostawały w izolacji. Dopiero około 40 tys. lat temu ponownie doszło do wymiany genów między nimi. Mężczyźni Bantu zaczęli łączyć się z kobietami Pigmejów.
Tak działo się jeszcze kilka tysięcy lat temu. Proces ten ustał, gdy ludy Bantu zaczęły uprawiać rolnictwo i hodowlę, a Pigmeje pozostali myśliwymi i zbieraczami.
Wtedy ludy te rozstały się na dobre, pula genetyczna Pigmejów zubożała, niezasilana z zewnątrz, a pula genetyczna Bantu wzbogaciła się i zróżnicowała. Miało to miejsce pod koniec epoki kamienia, przed około pięcioma tysiącami lat.
Do takich wniosków doszli francuscy badacze z Instytutu Pasteura oraz CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique). Zbadali DNA mitochondrialne (przekazywane wyłącznie przez matkę) 1500 współcześnie żyjących osób z 20 społeczności rolniczych Bantu i dziewięciu zbierackich społeczności Pigmejów. Społeczności te żyją na terenie Gabonu, Kamerunu, Republiki Środkowoafrykańskiej i Konga.
Naukowcy zidentyfikowali jedną linię mitochondrialnego DNA tubylczych przodków pochodzących ze środkowej Afryki, która była niegdyś wspólna dla Pigmejów i Bantu. Linia ta stopniowo ewoluowała, powstała z niej linia wiodąca do dzisiejszych Pigmejów oraz wiele różnorodnych linii, z których wywodzą się społeczności Bantu.
