Paweł VI rozpoczął pontyfikat w 1963 r., w czasie już trwającego, zwołanego przez Jana XXIII Soboru Watykańskiego II, który miał „uwspółcześnić Kościół katolicki". Do końca kierował jego pracami, a później wprowadzał w życie jego postanowienia. Sobór był wstrząsem dla Kościoła i do dziś jest ważnym punktem odniesienia dla wiernych i hierarchów.
– Dla mnie Paweł VI jest przede wszystkim autorem encykliki „Humanae Vitae", w której przypomniał niezmienne nauczanie Kościoła o ludzkiej seksualności i prawdę o antykoncepcji, wbrew stanowisku ogromnej większości zachodnich hierarchów i mediów. Wtedy pokazał, na czym polega papiestwo: papież ma być strażnikiem prawdy nawet wtedy, kiedy nikt poza nim tej prawdy strzec nie chce – mówi „Rz" Tomasz Terlikowski, publicysta TV Republika i felietonista „Plusa Minusa".