Rozwiązania organizacyjne rachunkowości budżetowej przyjęte w kolejnych rozporządzeniach w sprawie prowadzenia rachunkowości budżetowej (od 1 stycznia 2018 r. będzie obowiązywało nowe rozporządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z 13 września 2017 r. w sprawie rachunkowości oraz planów kont dla budżetu państwa, budżetów jednostek samorządu terytorialnego, jednostek budżetowych, samorządowych zakładów budżetowych, państwowych funduszy celowych oraz państwowych jednostek budżetowych mających siedzibę poza granicami Rzeczypospolitej Polskiej, DzU z 2017 r. poz.1911; dalej: rozporządzenie) powodują dylematy w zakresie m.in. przygotowania sprawozdawczości budżetowej. Jednostka samorządu terytorialnego, bez wydzielonych jednostek organizacyjnych niemających osobowości prawnej, jest odrębnym podmiotem prowadzenia rachunkowości, o czym stanowi art. 2 ust. 1 pkt 4 w powiązaniu z art. 3 ust. 1 pkt 1 ustawy o rachunkowości >patrz ramka (tekst jedn. DzU z 2016 r., poz. 1047 ze zm). Jednak wspomniane rozporządzenie, analogicznie jak poprzednie regulacje rachunkowości budżetowej, dzieli jednostkę samorządu terytorialnego na dwie części:
- urząd
- „organ" (budżet),
– przypisując temu pierwszemu bezpodstawnie status jednostki budżetowej.
Nie ma definicji, jest podmiotowość
W przepisach rozporządzenia „organu" nie definiuje się, jednak nadaje mu się podmiotowość. W rezultacie, dla jednostki samorządu terytorialnego prowadzi się dwie odrębne księgi rachunkowe: urzędu jst i „organu" (wykonie budżetu), na podstawie odrębnych planów kont. Takie rozwiązanie organizacyjne, narzucone jednostkom samorządu terytorialnego przez rozporządzenie, jest sprzeczne z przytoczonymi wyżej przepisami ustawy o rachunkowości i generuje wiele problemów m.in. w sprawozdaniach budżetowych.