Zasady te zostały przywołane w jednej ze spraw dotyczących odmowy zatwierdzenia opłat za udostępnienie infrastruktury kolejowej. Trybunał Sprawiedliwości UE (TSUE) 30 maja 2013 r. wydał wyrok w sprawie C-512/10 Komisja Europejska przeciwko Rzeczypospolitej Polskiej, w którym stwierdził, że „nie przyjmując środków zachęcających zarządcę infrastruktury kolejowej do zmniejszenia kosztów zapewnienia infrastruktury i wielkości opłat za dostęp do niej, a także umożliwiając, przy obliczaniu opłaty za minimalny pakiet dostępu i dostęp do urządzeń związanych z obsługą pociągów, uwzględnienie kosztów, które nie mogą być uznane za bezpośrednio ponoszone jako rezultat wykonywania przewozów pociągami, Rzeczpospolita Polska uchybiła zobowiązaniom, które na niej ciążą odpowiednio na mocy art. 6 ust. 2 i art. 7 ust. 3 dyrektywy 2001/14 WE Parlamentu Europejskiego i Rady z 26 lutego 2001 r. w sprawie alokacji zdolności przepustowej infrastruktury kolejowej i pobierania opłat za użytkowanie infrastruktury kolejowej oraz przyznawania świadectw bezpieczeństwa". Polska wykonała ten wyrok – w zakresie obliczania opłat za minimalny pakiet dostępu i dostęp do urządzeń związanych z obsługą pociągów (art. 7 ust. 3 dyrektywy) – wydając 5 czerwca 2014 r. rozporządzenie Ministra Infrastruktury i Rozwoju w sprawie warunków dostępu i korzystania z infrastruktury kolejowej. Stało się to więc ponad 12 miesięcy po stwierdzeniu przez TSUE niezgodności prawa krajowego z prawem UE. W zakresie środków zachęcających zarządcę infrastruktury kolejowej do zmniejszenia kosztów zapewnienia infrastruktury i wielkości opłat za dostęp do niej (art. 6 ust. 2 dyrektywy) dyskusyjne jest, czy dokonane w latach 2013-2016 zmiany ustawy o transporcie kolejowym, w tym ustawa z dnia 16 listopada 2016 r., wykonują ten wyrok. Już po stwierdzeniu przez TSUE niezgodności polskich przepisów z prawem UE zarządcy infrastruktury kolejowej występowali do Prezesa Urzędu Transportu Kolejowego (UTK) o zatwierdzenie stawek za dostęp do infrastruktury kolejowej oraz urządzeń związanych z obsługą pociągów na lata 2014-2015. Wnioski składane były w oparciu o przepisy obowiązującego w tym czasie wcześniejszego rozporządzenia Ministra Infrastruktury z 27 lutego 2009 r. w sprawie warunków dostępu i korzystania z infrastruktury kolejowej. Prezes UTK odmówił zatwierdzenia przedłożonych stawek, powołując się na wyrok TSUE w sprawie C-512/10 oraz na wynikający z prawa Unii Europejskiej obowiązek prowspólnotowej wykładni przepisów prawa krajowego. W opinii Prezesa UTK przedłożone stawki, obliczone w oparciu o rozporządzenie z 2009 r., nie mogły zostać zatwierdzone jako sprzeczne z prawem UE. Zarządcy infrastruktury kolejowej wnieśli odwołania od decyzji Prezesa UTK do Sądu Ochrony Konkurencji i Konsumenta (SOKiK), który jednak oddalił je jako bezzasadne (sprawy XVII AmK 18/14 i XVII AmK 16/14). W uzasadnieniu do wyroków SOKiK wskazał, że Prezes UTK prawidłowo dokonał prowspólnotowej interpretacji prawa krajowego, w świetle przepisów dyrektywy 2001/14 oraz wyroku TSUE w sprawie C-512/10. W uzasadnieniu czytamy, że „[s]koro dyrektywy wiążą państwa członkowskie, to przy wydawaniu zaskarżonej decyzji, do oceny prawidłowości przyjętej przez (...) kalkulacji stawek właściwy organ państwa, był zobowiązany do zastosowania dyrektywy unijnej z uwzględnieniem najnowszego wyroku Trybunału Sprawiedliwości UE, zawierającego wskazania interpretacyjne, dotyczące przepisów krajowych mających zastosowanie w sprawie", a „przedsiębiorca prowadzący profesjonalną działalność gospodarczą w jednym z krajów członkowskich UE nie może zasłaniać się brakiem znajomości aktualnej wykładni przepisów obowiązującego prawa nawet, jeśli ta wykładnia pochodzi od organu unijnego".
