Życie i dzieło Jana Patočki zostały głęboko naznaczone przez oba dwudziestowieczne totalitaryzmy. Ważny dla rozwoju młodego filozofa pobyt w Niemczech w latach 1932–1933 wiązał się nie tylko ze spotkaniami z wielkimi myślicielami, Edmundem Husserlem i Martinem Heideggerem. Był to również czas przejmowania władzy przez narodowych socjalistów. Jeszcze po wielu latach Patočka wspominał, że doświadczenie to zmuszało go do „zadawania sobie wielu niepokojących pytań".
Jesienią 1939 r. niemieccy okupanci pozbawili go możliwości wykładania na Uniwersytecie Karola. Świeżo upieczony docent, autor habilitacji „Świat naturalny jako problem filozoficzny", przez kilka lat uczył w gimnazjum. Pod koniec wojny pracował jako robotnik. Na uniwersytet powrócił po jego ponownym otwarciu w 1945 r. Cztery lata później Patočka ponownie stracił możliwość wykładania, tym razem na mocy decyzji komunistycznych władz. Przez kolejne dwie dekady pracował w kilku instytutach badawczych, także jako bibliotekarz. Podjął wówczas między innymi badania nad spuścizną Jana Amosa Komenskiego, wybitnego czeskiego pedagoga i filozofa.
W 1960 r. Patočka po raz pierwszy stał się obiektem zainteresowania czechosłowackiej służby bezpieczeństwa (StB). Stało się tak wskutek przyłapania jego syna (również Jana) na wyryciu napisu „I like Ike". Niewinne, zdawałoby się, przytoczenie dawnego hasła wyborczego prezydenta Eisenhowera zakończyło się wyrzuceniem chłopca ze szkoły i uniemożliwieniem mu dalszej nauki. Przy okazji zebrano informacje o jego ojcu. Funkcjonariusz StB stwierdził, że reprezentuje on „idealistyczny" nurt filozofii, a ponadto utrzymuje kontakty z osobami o „prozachodniej orientacji".
Trzeci powrót filozofa w mury uniwersytetu umożliwiły przemiany Praskiej Wiosny. Wygłosił wówczas m.in. cykl wykładów o Platonie, a także przygotował do druku poprawioną wersję skryptu o Sokratesie, wydanego na powielaczu w latach 40. Książka nie zdążyła się jednak ukazać w okresie liberalizacji systemu. Z kolei wydana w 1969 r. publikacja „O sens dnia dzisiejszego" została w większości oddana na przemiał. Trzy lata później Patočka został skierowany na przymusową, wcześniejszą emeryturę. Przyczyniły się do tego nie tylko jego „nieprawomyślne" teksty, lecz także fakt, iż stawał w obronie represjonowanych kolegów.
Mieszkanie emerytowanego profesora szybko stało się miejscem spotkań młodej inteligencji, organizowano w nim regularne seminaria i wykłady. Fenomen ten zyskał przydomek „uniwersytetu Patočki". Filozof kształtował postawy swoich słuchaczy, z których wielu włączyło się później w działalność opozycji. W efekcie ponownie stał się obiektem inwigilacji, a w 1974 r. objęto go zakazem wyjazdów zagranicznych oraz zakazem wydawania jego pism.