Jeśli jednak podatnik w ciągu dwóch lat nie wyda środków uzyskanych ze sprzedaży na wyżej wymienione cele, to następnego dnia po upływie dwóch lat zobowiązany jest wpłacić do urzędu skarbowego podatek wraz z należnymi odsetkami. Odsetki za okres od sprzedaży nieruchomości do upływu dwóch lat nalicza się w połowie wysokości odsetek budżetowych. Należy także wspomnieć, że podatnik zachowa prawo do zwolnienia nawet wtedy, gdy nie złoży oświadczenia w terminie 14 dni. Wystarczy, że uzyskany przychód faktycznie wyda na cele wymienione w ustawie. Zapłacony zryczałtowany podatek zostanie mu zwrócony.
W przypadku sprzedaży nieruchomości nabytej przed 1 stycznia 2007 roku, urzędy skarbowe stały na stanowisku, iż nabycie domu na terenie UE (np. w Szwecji) nie uprawnia do skorzystania ze zwolnienia od podatku, ponieważ nie kwalifikuje się do celów wymienionych w art. 21 ust.1 pkt. 32. Jednakże wyrok WSA w Warszawie z 14 września 2009 r. (III SA/Wa 942/09), wskazuje iż, „podatnik który za pieniądze ze sprzedaży mieszkania w Polsce kupił inne mieszkanie na terenie UE, mógł skorzystać ze starej ulgi mieszkaniowej w podatku dochodowym od osób fizycznych” Według sądu zwolnienie powinno obejmować również tych, którzy pieniądze ze sprzedaży nieruchomości wydali na cele mieszkalne na terenie UE.
[b]Jeśli podatnik nabył sprzedawane mieszkania w okresie między 1 stycznia 2007 a 31 grudnia 2008[/b] podstawę obliczenia podatku stanowi dochód uzyskany z tej sprzedaży. Dochód ten ustala się obliczając różnice pomiędzy przychodem uzyskanym ze sprzedaży a udokumentowanymi kosztami, do których należy zaliczyć m.in. koszty nabycia bądź wytworzenia nieruchomości oraz poniesione nakłady w celu podniesienia wartości. Od tak uzyskanego dochodu nalicza się podatek w wysokości 19% dochodu. Czyli z dniem 1 stycznia 2007 roku w miejsce 10% podatku od przychodu pojawił się podatek od dochodu w wysokości 19% dochodu. Inny jest również termin rozliczenia i zapłaty podatku - przypada razem z terminem złożenia zeznania podatkowego za rok podatkowy.
Osoba, która sprzedaje mieszkanie lub dom nabyte w latach 2007-2008 może skorzystać z tzw. ulgi meldunkowej. Nie musi płacić podatku, jeśli była zameldowana w budynku lub lokalu na pobyt stały przez okres nie krótszy niż 12 miesięcy przed datą zbycia. Dodatkowo musi złożyć w urzędzie skarbowym - w terminie złożenia zeznania rocznego - stosowne oświadczenie, iż spełnia warunki do tego zwolnienia. Zwolnienie ma zastosowanie łącznie do obojga małżonków.
[b]Przy sprzedaży mieszkania nabytego po 31 grudnia 2008 r.[/b], posiadanego krócej niż 5 lat, podstawę opodatkowania stanowi dochód uzyskany z tej sprzedaży. Stawka podatku wynosi 19% uzyskanego dochodu obliczonego zgodnie z art. 30e ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Jednakże sprzedaż ta może skorzystać ze zwolnienia na podstawie art. 21 tej ustawy w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2009 roku. W świetle tego przepisu zwolnieniu podlegają dochody z odpłatnego zbycia nieruchomości i praw majątkowych , jeśli w okresie dwóch lat od zbycia, nie później jednak niż w ciągu dwóch lat od końca roku podatkowego, w którym nastąpiło odpłatne zbycie, uzyskany przychód zostanie przeznaczony na cele mieszkaniowe wymienione w art. 21 ust. 25-30 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Są to między innymi:
- zakup domu lub mieszkania, gruntu pod budowę budynku mieszkalnego, prawa wieczystego użytkowania takiego gruntu, budowę, rozbudowę, nadbudowę, przebudowę lub remont własnego budynku mieszkalnego, jego części lub własnego lokalu mieszkalnego (w tym również położonego w innym kraju Unii Europejskiej, Europejskiego Obszaru Gospodarczego bądź w Szwajcarii),
