Problem dotyczy tego, iż w postępowaniu karnym, inaczej niż w procedurze cywilnej, od decyzji sądu I instancji o odmowie wyłączenia sędziego nie można wnieść zażalenia. Zarzut nieprawidłowej decyzji sądu w przedmiocie wyłączenia sędziego można podnieść dopiero w apelacji do sądu drugiej instancji.
Jak się okazuje jest to problem często podnoszony w sprawach zgłaszanych Rzecznikowi Praw Obywatelskich. Jego zdaniem brak zażalenia uniemożliwia szybką reakcję na uchybienia sądu. Wskutek błędnych decyzji o niewyłączeniu sędziego w pierwszej instancji dochodzi do przewlekłości postępowań, jeżeli sąd wyższej instancji uzna, że przesłanki do wyłączenia sędziego istniały. - Co istotne, w postępowaniu karnym nie może dochodzić do zmiany składu sądu w trakcie całego procesu, zatem stwierdzenie naruszenia art. 41 k.p.k. poprzez niewyłączenie sędziego prowadzi do uchylenia zaskarżonego orzeczenia przez sąd odwoławczy. W takim wypadku całe postępowanie sądowe musi zostać powtórzone - zauważa RPO.