O tym, co po 1943 r. działo się na Wołyniu i w Małopolsce Wschodniej, na Kresach II Rzeczypospolitej, wiedział z żywej relacji ojca. Jan Zaleski, polski filolog, urodził się w zubożałej rodzinie szlacheckiej w Monasterzyskach. Gdy UPA rozpoczęła czystki etniczne na tych terenach, miał 17 lat. Ks. Isakowicz-Zaleski w rozmowie z „Plusem Minusem" wspomina, że jego ojciec był świadkiem zabijania Polaków przez ich ukraińskich sąsiadów, zebrał też wiele wspomnień mieszkańców Kresów, którzy zdołali przetrwać rzeź wołyńską. Zapiski te, wraz z jego pamiętnikami trafiły do szuflady. Syn jednak nigdy nie zapomniał o dziedzictwie ojca.
W 2004 r. z inicjatywy Ormian, których duszpasterzem był wówczas właśnie ks. Isakowicz-Zaleski, w kościele św. Mikołaja w Krakowie poświęcono Chaczkar (krzyż ormiański) upamiętniający Ormian związanych z Rzeczypospolitą. Napis na Chaczkarze głosił, że jest on poświęcony również tym, którzy padli ofiarą ludobójstwa w Turcji, a także Ormianom i Polakom zamordowanym przez UPA w Kutach nad Czeremoszem i w Baniłowie Ruskim na Bukowinie. Rok później polski Sejm przyjął przez aklamację uchwałę, w której rzeź w imperium osmańskim określił mianem ludobójstwa.
– Wtedy uznałem, że skoro powiedzieliśmy prawdę o ludobójstwie Ormian, to naturalne jest, że teraz należy powiedzieć prawdę również o Polakach i Żydach, którzy zginęli z rąk UPA – mówi ks. Isakowicz-Zaleski. I dodaje: – Ku mojemu zaskoczeniu okazało się, że polscy politycy tego nie chcą.
Pyskaty ksiądz z Nowej Huty
W pierwszej dekadzie XXI wieku ks. Isakowicz-Zaleski był już osobą znaną i choć w hierarchii Kościoła nie zajmował i do dziś nie zajmuje najwyższych stanowisk, to jednak autorytetu mógłby mu pozazdrościć niejeden biskup.
Pierwszą piękną kartę w swoim życiorysie zapisał w czasach PRL. Urodzony w pielęgnującej pamięć o Kresach (ojciec jego matki, polskiej Ormianki, Teresy z domu Isakowicz, pochodził ze Stanisławowa) i silnie związanej z Kościołem rodzinie (dalekim krewnym ks. Isakowicza-Zaleskiego jest arcybiskup ormiańskokatolicki ze Lwowa Izaak Mikołaj Isakowicz, z kolei siostra bliźniaczka matki księdza wstąpiła do klasztoru), podążył ścieżkami wytyczonymi przez przodków. Już w liceum związał się z Ruchem Światło-Życie, po skończeniu szkoły średniej wstąpił do Wyższego Seminarium Duchownego w Krakowie.