Urząd może sam skorygować zeznanie podatnika, jeśli skutki podatkowe (w tym kwota nadpłaty) nie przekroczą 5 tys. zł. W takiej sytuacji urzędnik przekazuje podatnikowi uwierzytelnioną kopię skorygowanej deklaracji (z prawem do wniesienia sprzeciwu). Nadpłata jest wtedy zwracana w terminie trzech miesięcy od dnia upływu terminu do wniesienia sprzeciwu od korekty dokonanej przez urzędnika. Podatnik ma na taki sprzeciw 14 dni. B
W przypadku korekty dokonanej przez samego podatnika (poza czynnościami sprawdzającymi urzędu), a zatem gdy składamy skorygowaną deklarację i wniosek o stwierdzenie nadpłaty, podlega ona zwrotowi w terminie dwóch miesięcy od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Nie nastąpi to jednak wcześniej niż w terminie trzech miesięcy od daty złożenia samej deklaracji podatkowej.
Termin zwrotu nadpłaty może być wydłużony w związku z przeprowadzeniem postępowania sprawdzającego, gdy deklaracja budzi wątpliwości. Fiskus powinien wydać w tej sprawie stosowne postanowienie. Podatnik może złożyć na nie zażalenie.
W przypadku usługi Twój e-PIT można milcząco zaakceptować przygotowane przez administrację skarbową zeznanie, z którego wynika nadpłata. Zeznanie to jest gotowe już od 15 lutego. Jeśli jednak podatnik nie zaloguje się na swoje konto w portalu podatkowym i nie zaakceptuje zeznania, to 45-dniowy termin zwrotu liczy się od ostatniego dnia na składanie zeznań, czyli od 30 kwietnia.