Zapytał, czy podstawą obliczenia kosztu uzyskania przychodu z tej transakcji powinna być wartość wydatków poczynionych na nabycie składników stanowiących wkład niepieniężny do spółki komandytowej, pomniejszona o ewentualne odpisy amortyzacyjne.
Fiskus odpowiedział nie po myśli podatnika. Przypomniał, że reguła nierozszczepialności praw i obowiązków wspólnika determinuje przeniesienie ogółu praw i obowiązków zawsze jako niepodzielnej (nierozłącznej) całości.
Zdaniem urzędników ustawa o CIT nie zawiera szczególnej regulacji, która wskazywałaby na odmienne zasady określania dochodów wspólnika w razie jego wystąpienia ze spółki niebędącej osobą prawną czy poprzez wypowiedzenie umowy, czy też poprzez zbycie ogółu praw i obowiązków wynikających z uczestnictwa w spółce.
Dlatego do wystąpienia ze spółki niebędącej osobą prawną, w tym poprzez zbycie ogółu praw i obowiązków, zastosować należy art. 12 ust. 1 pkt 1 oraz art. 12 ust. 4 pkt 3a lit. b ustawy o CIT. Zdaniem fiskusa w opisanej sytuacji przede wszystkim nie wystąpi w ogóle kategoria kosztu podatkowego w rozumieniu ogólnej definicji z art. 15 ust. 1 ustawy o CIT.
Przy pierwszym podejściu Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie oddalił skargę podatnika, ale NSA skasował ten wyrok z przyczyn procesowych. Ponownie rozpoznając sprawę, WSA przyznał już rację skarżącemu. Zauważył, że w sprawie kluczowa jest ocena prawidłowości wykładni i zastosowania do niej art. 12 ust. 4 pkt 3a lit. b oraz art. 12 ust. 4 pkt 3c ustawy o CIT. Regulacje te odnoszą się do wystąpienia ze spółki osobowej. WSA uznał jednak, że pod pojęciem „wystąpienie wspólnika ze spółki osobowej" nie należy rozumieć także sprzedaży ogółu praw i obowiązków wspólnika, bo ustawa o CIT nie definiuje tego pojęcia. Odwołał się do przepisów kodeksu spółek handlowych. A na jego gruncie wystąpienie wspólnika spółki jawnej (komandytowej) nie jest tym samym co zbycie ogółu praw i obowiązków wynikających z udziału w takiej spółce osobie trzeciej.
W ocenie WSA stanowisko fiskusa, że nie ma możliwości zaliczenia jako kosztu uzyskania przychodów wydatków poniesionych przez skarżącego na podstawie rozszerzającej interpretacji stanowi niedopuszczalne zwiększenie obciążenia podatkowego bez precyzyjnych podstaw ustawowych.