Choć tzw. milczące załatwienie sprawy administracyjnej obowiązuje zaledwie od kilku lat, doczekało się bogatego orzecznictwa sądowego. Podkreśla się w nim, że jest to potrzebne i pożyteczne rozwiązanie, ale wywołuje wiele wątpliwości. Zwłaszcza w przypadkach, w jakich nie jest dopuszczalne uznanie, że sprawa została załatwiona milcząco.
W wyroku z 3 listopada 2020 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie (IV SA/Wa 1365/20) podkreślił, że instytucja milczącego załatwienia sprawy, zwana też fikcją pozytywnego rozstrzygnięcia sprawy, jest bardzo korzystna dla strony wnoszącej o rozstrzygnięcie. Sprawa może być jednak załatwiona milcząco tylko wówczas, gdy przepis szczególny tak stanowi. Regulacja wprowadzona do k.p.a. ma więc charakter pomocniczy i ramowy, uzupełniający przepisy szczególne. Żeby znalazła zastosowanie, musi istnieć przepis szczególny, który będzie tak stanowił.