Pomimo kilkuletniego już obowiązywania art. 99 ust. 3 pkt 2 i 3 ustawy z 6 września 2001 r. Prawo farmaceutyczne (dalej: p.f.), określanego w doktrynie - przepisem antykoncentracyjnym, zgodnie z którym zezwolenia na prowadzenie apteki ogólnodostępnej nie wydaje się w przypadku przekroczenia przez podmiot ubiegający się o zezwolenie bądź podmioty przez niego kontrolowane albo członków grupy kapitałowej 1 % progów koncentracji na rynku aptecznym w danym województwie, praktyka stosowania tego przepisu budzi wciąż wątpliwości i spory co do zakresu jego zastosowania. Wyrazem tego są w szczególności rozbieżne stanowiska sądów administracyjnych w odniesieniu do dopuszczalności: stosowania przepisu antykoncentracyjnego w postępowaniach, których przedmiotem nie jest wydanie zezwolenia na prowadzenie apteki ogólnodostępnej, a jego zmiana, a także wyłączenia przez ww. artykuł stosowania art. 494 § 2 Kodeksu spółek handlowych (dalej: K.s.h.), a w konsekwencji uniemożliwienia przeniesienia praw i obowiązków wynikających z zezwolenia wydanego przed wejściem w życie noweli wprowadzającej expressis verbis wyłączenie sukcesji administracyjnoprawnej przewidzianej w art. 494 § 2 K.s.h. Można przywołać stanowisko judykatury (wyrażone w wyroku z 11. 08. 2020 r., sygn. II GSK 3573/17), w którym uznaje się za zasadne stosowanie przepisu antykoncentracyjnego i wynikającego z niego ograniczenia także do zmiany wydanych już wcześniej zezwoleń. To zadecydowało o oddaleniu skargi na decyzje organów nadzoru farmaceutycznego odmawiające zmiany zezwolenia na prowadzenie apteki ze względu na przekroczenie przez grupę kapitałową, do której należała spółka sukcesorka, która – na podstawie art. 494 §2 K.s.h. – przejęła zezwolenie uprzednio wydane przejętej spółce, limitu 1 % aptek prowadzonych na danym terenie. Odmienne stanowisko wyrażono m.in. w wyrokach: z 4. 02.2020 r. (sygn. II GSK 3025/17, sygn. II GSK 3026/17, sygn. II GSK 3291/17), z 5 02. 2020 r. (sygn. II GSK 2478/17). Na gruncie rozważanych w powyższych wyrokach stanów faktycznych, pojawiają się wątpliwości, czy przepis antykoncentracyjny znajduje zastosowanie w postępowaniach, których przedmiotem jest zmiana zezwolenia na prowadzenie apteki ogólnodostępnej, oraz czy wprowadza on wyjątek od zasady sukcesji administracyjnej, o której mowa w art. 494 § 2 in fine K.s.h. W tym drugim przypadku chodzi o odpowiedź na pytanie, czy przepis antykoncentracyjny może wyłączyć zastosowanie art. 494 § 2 K.s.h., uniemożliwiając przeniesienie praw i obowiązków wynikających z zezwolenia na prowadzenie apteki ogólnodostępnej wydanego przed wejściem w życie ustawy wprowadzającej w art. 99 ust. 2a pkt 1 p.f. wyłączenie sukcesji określonej w art. 494 § 2 K.s.h.
