Muzeum ma stanąć obok gmachu głównego Muzeum Narodowego, naprzeciw pomnika Wyspiańskiego otoczonego postaciami z jego dramatów. Lokalizacja ta wpisuje się w większą całość nowego kwartału muzealnego w Krakowie, w którego skład wejdą: Gmach Główny, budynek dawnego hotelu „Cracovia”, będącyod niedawna jest własnością Muzeum Narodowego i Muzeum Czynu Niepodległościowego przy ul. Oleandry.
- Kraków jest miastem Stanisława Wyspiańskiego – mówi „Rzeczpospolitej” dr hab. Andrzej Betlej, dyrektor Muzeum Narodowego. – Budowa jego muzeum wraca jak leitmotiv we wszystkich dyskusjach na temat panoramy kulturalnej miasta. Stanisław Wyspiański jest przy tym immanentnie związany z naszym muzeum, bo w jego zbiorach znajduje się prawie tysiąc obiektów łączących się z nim. Olbrzymi sukces naszej wystawy „Wyspiański”, którą obejrzało ponad 268 tys. zwiedzających, spowodował, że podjęliśmy decyzję o stworzeniu nowoczesnego, narracyjno-biograficznego muzeum, opartego na naszych zbiorach, a zarazem prezentującego cały jego dorobek: artystyczny, literacki, teatralny.