Jednostki samorządu terytorialnego (JST) w dalszym ciągu mają znaczny problem z rozliczeniem VAT z uwagi na konieczność ustalania tzw. prewspółczynnika, wprowadzonego do ustawy o VAT z dniem 1 stycznia 2016 r. Jednocześnie rozliczeń VAT nie ułatwiła obowiązkowa centralizacja tych rozliczeń w JST, która nastąpiła z dniem 1 stycznia 2017 r.
Problemów związanych z obowiązkiem stosowania tzw. prewspółczynnika i centralizacji rozliczeń jest wiele.
Przykład
Jednostki organizacyjne JST (np. część zakładów wodociągowych), które do tej pory nie realizowały czynności niepodlegających ustawie o VAT realizują obecnie dostawy lub świadczą usługi na potrzeby wewnętrzne JST, czyli obecnie jednego podatnika VAT. Zakłady te nie zmieniły zakresu swojej działalności, jednakże z uwagi na sam fakt centralizacji VAT obciążają pozostałe jednostki organizacyjne tej samej JST w formie noty obciążeniowej. Tym samym realizują obecnie czynności, które nie podlegają ustawie o VAT. Dlatego też odliczenie VAT od nabywanych towarów i usług wykorzystanych w części do działalności podlegającej VAT, a w części na potrzeby działalności pozostającej poza opodatkowaniem VAT (świadczenia wewnętrzne w ramach jednego podatnika VAT) wiąże się ze stosowaniem przepisów o prewspółczynniku.
Kwalifikacja wydatków
Najwięcej kłopotów sprawia JST kwalifikacja ponoszonych wydatków do poszczególnych rodzajów działalności – opodatkowanej VAT, opodatkowanej i zwolnionej z VAT oraz do działalności poza VAT.
Wyjątkiem jest sytuacja kiedy JST mają możliwość przyporządkowania wydatków wprost – np. wyłącznie do działalności opodatkowanej VAT (ponoszenie nakładów na remonty pomieszczeń, które są w całości wynajmowane). Najczęściej jednak dany wydatek zostanie wykorzystany do dwojakiego rodzaju działalności JST (podlegającej VAT i poza VAT).