Wglądu do kopii takich wytycznych domagał się od dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w Krakowie Grzegorz P. Dyrektor odmówił, gdyż takie informacje są objęte tajemnicą skarbową. W odwołaniu do generalnego inspektora kontroli skarbowej Grzegorz P. argumentował, że wytyczne nie mogą być uznane za tajemnicę skarbową, gdyż nie można ich zakwalifikować jako informacje wytworzone lub zgromadzone w trakcie kontroli skarbowej. Te są zindywidualizowane, dotyczą konkretnego podmiotu i konkretnego podatnika. Wytyczne mają charakter generalny, nieskonkretyzowany i publiczny.
GIKS uznał jednak, że jest to informacja publiczna, objęta szczególną ochroną ze względu na tajemnicę skarbową. Zgodnie z art. 34 ust. 1 ustawy z 1991 r. o kontroli skarbowej, informacje o prowadzeniu postępowań w sprawie przychodów z nieujawnionych źródeł jako informacje gromadzone w ramach kontroli skarbowej podlegają ochronie. Tajemnicą skarbową są objęte nie tylko informacje dotyczące konkretnego podmiotu, ale wszelkie informacje, będące w dyspozycji organu kontroli skarbowej. Ujawnienie wytycznych, które są administracyjnym aktem wewnętrznym, adresowanym do pracowników urzędów kontroli skarbowej i urzędów skarbowych, mogłoby im utrudnić wykonywanie zadań.
W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie Grzegorz P. stwierdził, że gdyby zastosować się do interpretacji GIKS, tajemnicą skarbową byłyby objęte wszelkie informacje, zgromadzone zarówno w aktach spraw, jak i poza nimi. Pojęcie tajemnicy skarbowej obejmowałoby wówczas wszystkie dane będące w posiadaniu organów kontroli skarbowej; wszystkie pisma, dokumenty i materiały. .
WSA ocenił, że wspomniane wytyczne nie mieszczą się w definicji tajemnicy skarbowej, o której mowa w art. 34 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej. Tajemnicą skarbową mogą być objęte jedynie informacje skonkretyzowane, a nie abstrakcyjne – orzekł, uchylając zaskarżoną decyzję. GIKS nie zgodził się z tym wyrokiem i w skardze kasacyjnej do Naczelnego Sądu Administracyjnego zarzucił, że WSA błędnie zinterpretował art. 34 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej.
NSA podzielił jednak argumentację WSA i stwierdził, że wspomnianych wytycznych nie da się objąć tajemnica skarbową, o której mówi ów przepis (sygn. I OSK 2216/13). Jeżeli jednak organ kontroli skarbowej uważa, że ten dokument lub jego część nie powinien dostać się do obiegu publicznego, może mu nadać klauzulę tajności na podstawie ustawy z 2010 r. o ochronie informacji niejawnych.
