Scenariusz gry „Marvel's Spider-Man" nie jest zaskakujący. Po rozprawieniu się z Kingpinem w efektownym początku-samouczku bohater liczy, że w Nowym Jorku wreszcie zapanuje spokój. Niestety, gangi stają się coraz bardziej aktywne, a do tego pojawia się kolejny niebezpieczny przeciwnik. Pokonanie go będzie wymagać od gracza podążania wyznaczoną ścieżką i odhaczania kolejnych misji. Tyle że niekoniecznie trzeba to robić. Autorzy przygotowali bowiem olbrzymie wirtualne miasto, po którym można się swobodnie przemieszczać. Huśtając się na linach, skacząc po dachach albo chodząc jak zwykli obywatele.