Jan XXIII w swojej społecznej encyklice „Mater et Magistra" z 15 maja 1961 r. powołując się na Piusa XI, pisał, że „tezy tak zwanych komunistów pozostają w skrajnej sprzeczności z nauką chrześcijańską. Nie mogą też katolicy popierać w jakikolwiek sposób twierdzeń socjalistów, mimo że głoszą oni bardziej umiarkowane poglądy".
Chruszczow chwali papieża
Wyraźna zmiana retoryki nastąpiła zaledwie kilka miesięcy później. Krótko po rozpoczęciu blokady Berlina i budowy muru berlińskiego, 10 września 1961 r., papież – bez wskazywania winnych – wygłosił orędzie radiowe wzywające obie strony konfliktu do rokowań pokojowych, a wierzących do modłów „za trwały, owocny i pogodny pokój". Po raz pierwszy w historii Związku Sowieckiego biskupa Rzymu pochwalił publicznie sekretarz generalny KPZS Nikita Chruszczow. Wyrażając wdzięczność za neutralne stanowisko papieża, przywódca sowiecki powątpiewał, czy Jana XXIII „usłuchają tacy katolicy, jak Kennedy, Adenaurer i inni". Akcentując swój ateizm, Chruszczow podkreślił rolę „wierzących" i „niewierzących", „przedstawicieli wszystkich wyznań i poglądów politycznych" w walce o pokój. Miesiąc później Kreml zdobył się na kolejny gest. 25 listopada 1961 r., w 80. rocznicę urodzin Jana XXIII, ambasador Związku Sowieckiego w Rzymie w imieniu Chruszczowa przekazał papieżowi życzenia zdrowia i zjednoczenia w wysiłkach na rzecz światowego pokoju. Papież oficjalnie podziękował sekretarzowi generalnemu, życząc także „powszechnego pokoju" oraz „osiągnięcia zgody i braterstwa między ludźmi".
Wymiana uprzejmości między papieżem a przywódcą światowego komunizmu zaniepokoiła niektórych hierarchów, którym przewodził kard. Ottaviani. „Frakcja" prefekta Świętego Oficjum – do której zaliczano m.in. kardynałów Giacomo Lercaro, Giuseppe,a Siriego, Ernesto Ruffiniego, Francisa Spellmana, Richarda Cushinga i Josefa Mindszentyego – zaczęła wywierać presję na papieża, aby ten porzucił mrzonki o możliwości koegzystencji Kościoła i komunizmu. Według tajnych służb bloku sowieckiego Ottaviani miał nawet odbyć serię spotkań politycznych z generałem Francisco Franco, Antoniem de Oliveirą Salazarem, Charles'em de Gaulle'em, w czasie których miał wskazać na rosnące zagrożenia płynące z propagowanej wówczas koncepcji „współistnienia wolnego świata z komunizmem". Pytany o oczekiwania wobec zbliżającego się soboru przebywający przymusowo na terenie ambasady amerykańskiej w Budapeszcie Mindszenty przesłał do Watykanu swój program walki z komunizmem. W piśmie adresowanym do Jana XXIII prymas Węgier stwierdził, że „dotychczasowe formy walki Kościoła z komunizmem (wykluczenie, klątwa) są dalece niewystarczające". „Sobór – pisał kardynał – powinien dokładnie skonkretyzować rodzaj represji wobec członków partii komunistycznych i współdziałających z nimi katolików, zażądać od katolików krajów socjalistycznych, by nie uznawali konstytucji swoich państw, oraz podjąć uchwałę stwierdzającą, że niepodporządkowanie się komunistycznemu ustawodawstwu nie jest grzechem".
Pułapka ekumenizmu
Jakby w przyjaznym wobec antykomunistycznych purpuratów geście „dobry papież" 3 stycznia 1962 r. ekskomunikował komunistycznego przywódcę Kuby Fidela Castro, powołując się przy tym na dekret Świętego Oficjum z lipca 1949 r. Był to jednak ostatni tego typu akt ze strony Watykanu. Jan XXIII, wystraszony konfliktem wokół Berlina, wierzył w idee światowego pokoju, którego architektami mogą być zarówno ludzie wyznający odmienne systemy religijne, jak i skrajnie różne systemy polityczne. Jego naiwność szybko zauważono na Kremlu i w całym imperium sowieckim. Jeden z węgierskich komunistów miał wówczas wypowiedzieć jakże znamienne słowa: „Kochamy tego papieża, gdyż czujemy, że i on nas kocha jako ludzi: inni zaś uważali nas tylko za komunistów". Jakby nie zdając sobie sprawy z czyhających pułapek, Jan XXIII powtarzał z uporem, że zwołany przez niego sobór nie będzie zwrócony przeciwko komukolwiek. Marzył ponadto o soborze ekumenicznym, którego sens coraz częściej tłumaczył w dość nowatorski sposób – nie tylko jako zgromadzenie wszystkich biskupów Kościoła katolickiego pod przewodnictwem papieża, ale także jako wydarzenie o charakterze międzyreligijnym. Dlatego zapowiedział zaproszenie przedstawicieli różnych wyznań na obrady soboru. Szczególnie ważna dla Jana XXIII była obecność prawosławnych – zarówno tych orientujących się na Konstantynopol, jak i podporządkowanych patriarchatowi moskiewskiemu.
Agent „Adamant" wkracza na scenę
Ekumeniczne złudzenia Jana XXIII postanowiła wykorzystać Moskwa, która szybko sformułowała warunki stawiające Stolicę Apostolską pod ścianą. Kreml przemówił przez arcybiskupa Nikodema (Borysa Rotowa) – przewodniczącego Wydziału Zewnętrznych Stosunków Cerkwi Patriarchatu Moskiewskiego. W listopadzie 1961 r., podczas III Zgromadzenia Ogólnego Rady Ekumenicznej w New Delhi, Nikodem publicznie przedstawił stanowisko patriarchatu moskiewskiego wobec zwołanego przez Jana XXIII soboru: „Na planie politycznym Watykan często bywa agresywny wobec ZSRS. My, chrześcijanie, wierzący rosyjscy prawosławni, jesteśmy też lojalnymi obywatelami naszego kraju i żarliwie kochamy naszą ojczyznę. Dlatego nic, co wymierzone w nasz kraj, nie poprawi naszych wzajemnych stosunków. Nie zgadzamy się z polityczną działalnością Kościoła katolickiego i potępiamy ją, ale nie sprzeciwiamy się Kościołowi katolickiemu jako takiemu". Po tych słowach było już jasne, że warunkiem uczestnictwa sowieckich prawosławnych w soborze jest milczenie Kościoła katolickiego na temat komunizmu. Nikodem po raz pierwszy został zaproszony do Watykanu. Po sondażowych rozmowach z kurialistami deklarował: „Wydaje się, że możemy się porozumieć...".
Dziś już wiemy, że abp Nikodem był jednym z najgroźniejszych agentów KGB rozpracowujących zachodnią i grecką Cerkiew prawosławną, Światową Radę Kościołów oraz Kościół katolicki. Szczegóły jego pracy dla KGB ujawnił w latach 90. zbiegły na Zachód archiwista Łubianki płk Wasilij Mitrochin. Z dokumentów przekazanych przez niego Brytyjczykom wynika, że Nikodem posługiwał się pseudonimem Adamant, a jego błyskawiczna kariera w patriarchacie moskiewskim i urzekająca kilku papieży otwartość była wyreżyserowaną przez KGB grą. Nikodem był prawdziwą gwiazdą sowieckiego prawosławia. Miał zaledwie 18 lat (ur. w 1929 r.), kiedy złożył śluby zakonne i przyjął święcenia diakonatu. Dopiero później przeszedł szkolenie wojskowe w Armii Czerwonej, co było odstępstwem od sowieckiego porządku prawnego, który zakazywał składania ślubów zakonnych przed odbyciem służby wojskowej. W wieku 20 lat Nikodem przyjął święcenia kapłańskie. Sześć lat później wyjechał do Jerozolimy, gdzie z czasem objął funkcję kierownika misji rosyjskiej i archimandryty (1956–1959). W wieku 31 lat był już biskupem Jarosławia i Rostowa oraz stałym członkiem Światowego Synodu Cerkwi Rosyjskiej, zaś trzy lata później został arcybiskupem Leningradu oraz prawą ręką metropolity Moskwy i Wszechrusi Aleksego – również agenta KGB ps. Drozdow. Głównym zadaniem Niodema było jednak zneutralizowanie wszelkich antykomunistycznych postaw w prawosławnych wspólnotach na Zachodzie. W porozumieniu z Kremlem propagował on ideę Moskwy jako stolicy całego prawosławia, odwołując się z czasem nawet do pojęcia Moskwy jako „Trzeciego Rzymu". Stąd też dążył do narzucenia anty-antykomunistycznego stanowiska całemu prawosławiu. W 1961 r., podczas międzynarodowej konferencji prawosławnej na Rodos, udało mu się wykluczyć z porządku obrad punkt zatytułowany „Środki walki z ateizmem". Nieco później podczas III Zgromadzenia Ogólnego Rady Ekumenicznej w New Delhi Nikodem doprowadził do przyjęcia patriarchatu moskiewskiego w poczet członków Światowej Rady Kościołów. Sam wszedł do władz ŚRK. Był tam najważniejszym źródłem informacji KGB.