Część spośród wydawanych pozwoleń na budowę dotkniętych jest pewnymi uchybieniami formalnymi. Dotyczy to w szczególności inwestycji wymagających bardziej złożonych postępowań, obejmujących uzyskanie decyzji środowiskowej, warunków zagospodarowania i zabudowy terenu, oraz podlegających zmianom w trakcje procesu budowlanego. W niektórych przypadkach uchybienia formalne mogą skutkować wyeliminowaniem z obrotu prawnego pozwolenia na budowę. Pojawia się, zatem pytanie, czy jeżeli uchylenie bądź stwierdzenie nieważności pozwolenia na budowę nastąpi po długotrwałym postępowaniu odwoławczym, już po zakończeniu robót budowlanych i wydaniu pozwolenia na użytkowanie – to czy spowoduje to w konsekwencji wyeliminowanie z obrotu prawnego pozwolenia na użytkowanie? Czy może to skutkować wstrzymaniem użytkowania obiektu budowlanego, który został już zgodnie z prawem oddany do użytkowania?