Awaria nastąpiła 13 minut po starcie z Dżakarty. Ostatnie, co usłyszała wieża kontrolna, to prośba pilota o zgodę na zawrócenie z powodu „problemu technicznego". Wydała zgodę, ale nie wiadomo, czy pilot ją usłyszał.
Przybyli na miejsce ratownicy znaleźli tylko ogromną plamę oleju pływającą na powierzchni morza, a w niej resztki samolotu i osobistych rzeczy pasażerów, w tym dziecięce buciki. Zdaniem władz nikt nie przeżył. Na pokładzie było aż 20 pracowników indonezyjskiego Ministerstwa Finansów, lecących na wyspę Bangka.
Wśród ekspertów lotniczych katastrofa wywołała znaczne zaskoczenie. Samolot, który runął do morza, to najnowszy rodzaj Boeinga 737 – najszybciej sprzedający się model w historii tej amerykańskiej firmy. Mimo że do produkcji wszedł dopiero w zeszłym roku, już zamówiono 4300 jego egzemplarzy. Należący do Lion Air – największych prywatnych linii lotniczych Indonezji posiadających w sumie 115 maszyn różnych typów – latał dopiero od sierpnia. Władze lotnicze przyznały jednak, że w poprzednim locie samolot miał jakieś problemy, które jednak „rozwiązano zgodnie z obowiązującymi procedurami".
Eksperci sądzą, że w przypadku eksploatowania nowych maszyn awarie najczęściej następują właśnie w ciągu pierwszych trzech miesięcy.
Sam Lion Air próbuje poprawić swoją nie najlepszą reputację. W 2004 i 2013 roku jego samoloty ulegały poważnym awariom, do 2016 roku linie miały nawet zakaz latania do Unii Europejskiej z powodu problemów z bezpieczeństwem swoich lotów. W dodatku w latach 2011–2012 miała kłopoty z pilotami, których oskarżano o zażywanie narkotyku metamfetaminy – jednego tuż przed startem samolotu.