Miejskie Przedsiębiorstwo Wodociągów i Kanalizacji w Warszawie, które zarządza oczyszczalnią Czajka, jest spółką akcyjną miasta stołecznego Warszawy. W jej władzach zasiadają nominaci z ramienia prezydenta stolicy, w tym urzędnicy ratusza, politycy Platformy Obywatelskiej w części jeszcze od czasów prezydent Hanny Gronkiewicz-Waltz.
Postępowania po awarii, jaka miała miejsce pod koniec sierpnia, prowadzą dwie prokuratury (regionalna oraz praska), funkcjonariusze Komendy Stołecznej Policji i Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego. Prokuratura Regionalna prowadzi śledztwo pod kątem niedopełniania obowiązków służbowych przez funkcjonariuszy publicznych zobowiązanych do prawidłowego nadzoru nad odbiorem ścieków. Z kolei Okręgowa Warszawa-Praga – postępowanie sprawdzające pod kątem rzekomego sabotażu w Czajce, po zawiadomieniu zarządu MPWiK (jak pisała „Rzeczpospolita”, nie ma na to dowodów).