Ekolodzy powołują się m.in. na ekspertyzy świadczące o negatywnym wpływie inwestycji na środowisko, sprzeciw władz samorządowych czy brak opłacalności przedsięwzięcia. Ich zdaniem przedsięwzięcie jest realizowane bez ostatecznej decyzji środowiskowej oraz pozytywnej opinii Komisji Europejskiej.
– Przekop Mierzei, gdyby powstał 60 lat temu, dzisiaj prezentowany byłby jako książkowy przykład arogancji i szkodliwej megalomanii władzy – twierdzi Magdalena Figura z Greenpeace. Zarówno Greenpeace, jak i Eko-Unia uważają, że pieniądze, zamiast na przekop, powinny być wykorzystane na walkę z suszą.