Nieprawidłowościami w PKP Cargo postanowiła zająć się Prokuratura Okręgowa w Warszawie. W związku z zawiadomieniem złożonym przez obecny zarząd podjęła decyzję o wszczęciu śledztwa w sprawie niedopełnienia obowiązków i nadużycia udzielonych uprawnień przez byłe kierownictwo firmy w okresie od 25 lipca 2022 r. do 31 lipca 2023 r.
Chodzi o wykonanie tzw. decyzji węglowej byłego premiera Mateusza Morawieckiego, dotyczącej przewozów surowca, bez uprzedniego zawarcia porozumienia z ministrem aktywów państwowych i odpowiedniej uchwały przez ówczesny zarząd spółki. W efekcie miało dojść do wyrządzenia PKP Cargo szkody majątkowej wielkiej wartości w związku z utratą przychodów z wykonywanych umów z innymi podmiotami i utraty spodziewanych korzyści. Spółka ma do dziś odczuwać negatywne skutki tych decyzji.