Na trenerze ciążyło kilkanaście zarzutów korupcyjnych. Janusz Wójcik był oskarżony m.in. o wręczanie i przyjmowanie łapówek, ustawianie meczów. Dotyczyły one jego pracy w Świcie Nowy Dwór Mazowiecki. Wiosną 2004 roku klub był zagrożony spadkiem z pierwszej ligi. Wójcik jako trener miał wręczyć ponad pół miliona złotych łapówek i ustawić 8 z 9 meczów, które prowadził.
W lipcu 2010 roku wrocławska prokuratura apelacyjna skierowała do sądu akt oskarżenia. Przez wiele miesięcy procesu nie można było rozpocząć, bo szkoleniowiec za każdym razem wysyłał zwolnienia lekarskie.
W końcu we wrześniu stawił się przed sądem. Przyznał się do winy i zgodził się na dobrowolne poddanie się karze. Zaproponował dla siebie wyrok dwóch lat więzienia w zawieszeniu na 5 lat, grzywnę w wysokości 68 tys. 400 zł przy uwzględnieniu okresu zatrzymania oraz dwuletniego zakazu wykonywania zawodu trenera.
Dziś wrocławski sąd zgodził się na zaproponowany przez szkoleniowca wyrok. Były trener reprezentacji Polski oraz szkoleniowiec m.in. Legii Warszawa, Pogoni Szczecin, Śląska Wrocław, Świtu Nowy Dwór czy Widzewa Łódź - jest jedną z blisko 500 osób, która jest zamieszana w największą aferę korupcyjną w polskim futbolu.
- Jeśli wyrok jest taki jak w ugodzie, to jest sprawiedliwy. Na razie więcej komentować nie mogę, bo nie znam uzasadnienia. Nie wiem, jakie były podstawy prawne – mówi rp.pl Anna Zimoląg, rzecznik wrocławskiej Prokuratury Apelacyjnej, która oskarżała szkoleniowca.
