Jego zdaniem tego zabrakło w postępowaniu nuncjusza, a jego bratu trudno było pogodzić się z faktem, że nuncjusz apostolski znajduje czas na spotkanie z twórcami mediów, a nie znajduje tego czasu na spotkanie z biskupem, aby mógł przedstawić przebieg wydarzeń ze swojej strony.
- Żal również do prymasa Polski, który wolał dać pierwszeństwo mediom, aniżeli argumentom potwierdzonym przez prawników" - mówił brat zmarłego i pytał: "czy Rzym jest wart życia jednego prawego męża, czy kościół w Polsce jest wart życia prawego biskupa?". "Czy przyjęcie pełni kapłaństwa przez mojego brata było zaszczytnym wyborem, czy dzisiaj należałoby to rozpatrywać w kategoriach kary?" - dodawał.
Stwierdził, że Kościół stosuje podwójne standardy. - Schorowany jest nasz Kościół. Dlatego jeśli dzisiaj mówimy o jego oczyszczeniu, którego z pewnością potrzebuje, to nie może to być oczyszczenie o podwójnym standardzie, gdzie jednych się karci, a tych innych, choćby tych za zachodnią granicą się usprawiedliwia - dodał ks. Janiak.
I mówił, że „w tej trumnie nie powinno znajdować się ciało mojego brata, ale powinno być pogrzebane skrzywione poczucie sprawiedliwości, chora moralność tych, którym wydaje się, że poprawnie odczytali ducha ewangelii. Powinny pojawić się zgniłe sumienia tych w czerni, jak i tych w purpurze, tych w sutannach, habitach, jak i tych w krawatach. Tylko wtedy możemy mówić o oczyszczeniu Kościoła" - podkreślał ks. Janiak.
Do tych oskarżeń odniósł się w rozmowie z Interią abp Wojciech Polak, prymas Polski w rozmowie z portalem Interia.
- Słowa, które padły na pogrzebie biskupa Janiaka, są przede wszystkim raniące dla osób skrzywdzonych i smutne dla tych, które oczekują od Kościoła jednoznaczności. Podobne oskarżenia padły w liście, w którym bp Janiak kwestionował moje działania. W istocie słowa te uderzają w zaufanie do działań Stolicy Apostolskiej. Zgłoszenie przeze mnie zawiadomienia do Watykanu nie było przecież wydaniem wyroku na biskupa kaliskiego. Proces prowadziła Stolica Apostolska i to ona, po zbadaniu sprawy, ogłosiła ostateczne decyzje – powiedział Interii abp Polak.