Ministerstwo Klimatu i Środowiska przyznaje, że PEP 2040 nie określa strategicznych kierunków rozwoju dla wszystkich sektorów, w tym transportu. „Szczegółowy opis celów, działań, środków, kierunków interwencji, jak również prognoz dotyczących różnych gałęzi transportu (w tym transportu szynowego) jest ujęty w Strategii Zrównoważonego Transportu do 2030 roku przyjętej przez Radę Ministrów 24 września 2019 r. Projekt PEP 2040 uwzględnia odwołania do tej strategii" – twierdzi wydział komunikacji medialnej resortu. Jednocześnie przekonuje, że kolej, m.in. ze względu na fakt, iż jest to transport niskoemisyjny, jest ważnym elementem w polityce transportowej Polski i będzie pomocna w realizacji transformacji niskoemisyjnej.