Bez jego inwencji twórczej oraz otwartych formalnie dzieł, pozostawiających miejsce na improwizację aktorów, a wręcz inspirujących i prowokujących do niej – trudno sobie wyobrazić polski teatr, zwłaszcza ten oparty na bogactwie wyobraźni i grze skojarzeń.
To jego wizja i dramaty pomogły ukształtować Jana Peszka, Mikołaja Grabowskiego i jego teatr z udziałem Iwony Bielskiej, Andrzeja Grabowskiego, Jana Frycza i Tomasza Karolaka. Było to możliwe m.in. dzięki doświadczeniom grupy MW2 założonej w 1962 r. przez Adama Kaczyńskiego.
Przełomowość i innowacyjność teatralnych dzieł Schaeffera polegała również na tym, że przeniósł doświadczenia muzyczne na scenę: stanowią partyturę rozwijaną przez aktorów, każdego wieczoru inny happening. Podejmują tematy uwięzienia aktora w formie i rozbijania jej, poszerzenia, często w twórczej rywalizacji z innymi aktorami, nasyconej osobistymi doświadczeniami, w interakcji z widzami.
– Dzięki spotkaniu z Bogusławem Schaefferem zacząłem poszukiwać nowych środków wyrazu, odchodzić od teatru psychologicznego i szukać nowej formy – mówił Jan Peszek „Rzeczpospolitej”, zaś kompozytor i dramatopisarz nazwał Peszka idealnym aktorem do swoich dramatów.
Do najbardziej popularnych i wystawianych należy „Scenariusz dla nie istniejącego, lecz możliwego aktora instrumentalnego” grany przez Jana Peszka, cykl „Audiencje” (1964), „Kwartet dla czterech aktorów” (1966), „Kaczo” (1987), „Próby” (1989), „Tutam” (1991), „Gdyby” (1993). Wiele z nich zagrano kilkaset razy i wciąż są grane. A debiutował Schaeffer sztuką „Webern” poświęconą słynnemu kompozytorowi austriackiemu. Z premedytacją napisał „Ostatnią sztukę”, rodzaj credo artystycznego, rozliczenia z kulturą i udziałem w niej.
