Zarzut molestowania seksualnego pani Moniki (imię zmienione) przez biskupa Jana Szkodonia pojawił się na początku 2020 roku. W lutym na łamach „Dużego Formatu” – weekendowego dodatku do „Gazety Wyborczej” – ukazał się obszerny artykuł Marcina Wójcika. Wedle relacji bohaterki biskup, przyjaciel rodziny, molestował ją seksualnie przed 20 laty – kobieta miała wówczas lat 15. W czasie spotkań sam na sam biskup miał wsuwać ręce pod jej koszulę oraz między uda. Po latach – w połowie 2019 r. – kobieta zawiadomiła prokuraturę. Biegli potwierdzili autentyczność jej zeznań, ale sprawa została umorzona z powodu przedawnienia się czynów.
Również w 2019 r. o sprawie zawiadomiona została Nuncjatura Apostolska. Nuncjusz spotkał się z panią Moniką, wysłuchał biskupa i powiadomił Watykan. Ten nakazał wszczęcie postępowania, a biskup Szkodoń do czasu jego zakończenia miał przebywać poza terytorium archidiecezji krakowskiej. Sprawa została powierzona do wyjaśnienia bp. Ryszardowi Kasynie z Pelplina.
Tymczasem od ub. tygodnia wśród księży archidiecezji krakowskiej oraz dziennikarzy (wiadomość dostał m.in. reporter „Rzeczpospolitej”) kolportowany jest SMS o takiej treści (pisownia oryginalna): „JMJ. Dziele sie radoscia. 23 kwietnia 2021 r., w Uroczystosc Sw. Wojciecha BM, Ks. Bp Jan Szkodon otrzymal od Bpa R. Kasyny w Pelplinie dokument z Watykanu: zarzuty stawiane Biskupowi sa niesluszne i bezzasadne. BOGU NIECH BEDA DZIEKI. JEZUS ZWYCIEZYL. Ks. Bp dziekuje za modlitwy!". Wiadomość podpisana jest przez jednego z księży archidiecezji, emeryta, byłego proboszcza jednej z krakowskich parafii.
W czwartek do wiadomości publicznej jej treść podał na swoim blogu oraz na Facebooku ks. Tadeusz Isakowicz-Zaleski, dodając, że wedle jego wiedzy hierarcha przebywa w domu dla księży emerytów na terenie archidiecezji krakowskiej. Rzeczywiście odnaleźli go tam dziennikarze portalu Onet, ale o tym za moment.
Rzecznik krakowskiej kurii, odpowiadając na pytania dziennikarzy – w tym „Rzeczpospolitej” – o sprawę biskupa odpowiada niezmiennie: „Kuria Krakowska nie otrzymała informacji o prawomocnym wyroku w sprawie Bp Jana Szkodonia. Wszelkie decyzje w tej sprawie podejmuje Stolica Apostolska, która jest równocześnie jedynym źródłem informacji na ten temat”. Nuncjatura jednak milczy.
„Rzeczpospolitej” udało się za to skontaktować z kurią w Pelplinie, bo to ordynariusz pelpliński bp. Ryszard Kasyna z polecenia Watykanu prowadził postępowanie wyjaśniające. Od jego rzecznika dowiedzieliśmy się, że „wyrok w procesie karno-administracyjnym biskupa Jana Szkodonia nie jest jeszcze prawomocny”. Sam hierarcha w rozmowie z dziennikarzami Onet stwierdził zaś: „Jest wyrok, ale został on na razie zawieszony, nic więcej nie mogę powiedzieć. Obecnie przebywam w domu emerytów ze względu na stan zdrowia” - tłumaczył.