Paweł VI rozpoczął pontyfikat w 1963 r., w czasie już trwającego, zwołanego przez Jana XXIII Soboru Watykańskiego II, który miał „uwspółcześnić Kościół katolicki". Do końca kierował jego pracami, a później wprowadzał w życie jego postanowienia. Sobór był wstrząsem dla Kościoła i do dziś jest ważnym punktem odniesienia dla wiernych i hierarchów.
– Dla mnie Paweł VI jest przede wszystkim autorem encykliki „Humanae Vitae", w której przypomniał niezmienne nauczanie Kościoła o ludzkiej seksualności i prawdę o antykoncepcji, wbrew stanowisku ogromnej większości zachodnich hierarchów i mediów. Wtedy pokazał, na czym polega papiestwo: papież ma być strażnikiem prawdy nawet wtedy, kiedy nikt poza nim tej prawdy strzec nie chce – mówi „Rz" Tomasz Terlikowski, publicysta TV Republika i felietonista „Plusa Minusa".
Po wydanej 25 lipca 1968 r. „Humanae Vitae" Paweł VI nigdy już nie ogłosił żadnego wielkiego dokumentu. – Zapłacił za tę encyklikę ogromną cenę: odwróciło się od niego wiele episkopatów. To był bardzo silny atak, a jednak papież trwał przy prawdzie. Według mnie to właśnie był kluczowy moment dla jego świętości – dodaje Terlikowski.
Paweł VI był pierwszym papieżem pielgrzymem. Jako pierwszy papież w styczniu 1964 r. odwiedził Ziemię Świętą. Dwa lata później planował podróż apostolską do Częstochowy na uroczystości millenium chrztu Polski. Gdy komuniści zablokowali przyjazd, kardynał Wyszyński postanowił, by podczas liturgii portret Pawła VI leżał wymownie na pustym tronie papieskim. Jego proces beatyfikacyjny otworzył w maju 1993 r. Jan Paweł II.