Ksiądz Isakowicz-Zaleski był pytany czy rację ma Adam Michnik twierdzący, że nie można sprowadzać pontyfikatu Jana Pawła II do kwestii pedofilii w Kościele.
- Czytając ten artykuł miałem mieszane uczucia. Zgadzam się z panem redaktorem, że nie można wielkiego dziedzictwa Karola Wojtyły sprowadzać do jednej sprawy. Natomiast ja pamiętam sytuację sprzed 16 lat, kiedy po raz pierwszy powstał problem lustracji w Kościele, kiedy wychodziła moja książka "Księża wobec bezpieki" to właśnie "Gazeta Wyborcza" była najbardziej zajadłym przeciwnikiem lustracji. Dziś trzeba cofnąć się o te kilkanaście lat i powiedzieć, że największym błędem, nie tylko Kościoła, ale ówczesnych elit polskich było to, że zaniedbano tą sprawę. Dziś na ten temat nie rozmawialibyśmy już, bo ona byłaby omówiona, opisana, również w czasie procesu beatyfikacyjnego Karola Wojtyły - odparł.