Brak jednoznacznych uregulowań w przepisach podatkowych i bilansowych w odniesieniu do refakturowania powoduje, że firmy muszą mierzyć się z wieloma wątpliwościami w zakresie poprawności przeprowadzanych rozliczeń.
Refakturowane koszty i powstające w związku z tym przychody są zwykle pośrednio związane z działalnością jednostki. Dlatego ujmuje się je w segmencie pozostałej działalności operacyjnej.
Prowadzenia ksiąg nie można utożsamiać z wpisywaniem danych do systemu finansowo-księgowego. Działająca w Polsce spółka z międzynarodowej grupy może korzystać w tym zakresie z centrum usług wspólnych za granicą.