Zgodnie z podejściem fiskusa, aby prawidłowo rozliczyć WNT nietransakcyjne, trzeba mieć dokładną wiedzę o przepisach dotyczących fakturowania w państwie wysyłki. Taka wiedza niekoniecznie jest łatwo dostępna dla polskiego księgowego.
Niektóre organy twierdzą, że podatnicy, którzy wykupują dla pracowników prawo do wizyt w prywatnych przychodniach, powinni odliczać VAT na zasadzie proporcji. Takie podejście nie znajduje jednak potwierdzenia w przepisach.
Przedsiębiorcy sprowadzający towary z innych krajów UE w ramach umowy komisu mają kłopot z prawidłowym odliczeniem podatku. Przepisy nie odpowiadają bowiem warunkom gospodarczym, na jakich realizowane są takie transakcje.
