Podatnicy CIT muszą ponoszone wydatki, rozpoznawane jako koszty podatkowe, przyporządkowywać do odpowiedniego źródła przychodów. W praktyce to rozwiązanie uciążliwe, komplikujące system rozliczeń z fiskusem.
Definicja małego podatnika nie pozwala na jednoznaczne obliczenie wysokości jego przychodów ze sprzedaży. W praktyce powstają wątpliwości mogące mieć decydujący wpływ na prawo do niższej daniny.