Pierwsze szczepy koronawirusa ludzkiego zidentyfikowano w latach 60. XX wieku, a pierwszy szczep wyizolowano od dziecka z objawami przeziębienia w 1962 roku. W następnych latach wyizolowano kolejne szczepy, z których dwa zostały uznane za odrębne gatunki.
Pierwszy groźny gatunek koronawirusa zidentyfikowano w 2002 roku w chińskiej prowincji Guangdong. Wirus, który został nazwany SARS-CoV, wywoływał zespół ciężkiej niewydolności oddechowej (ang. Severe Acute Respiratory Syndrome) i spowodował śmierć 775 osób. Wkrótce odkryto kolejne szczepy. Dwa z nich uznano za winne cyklicznych epidemii zakażeń dróg oddechowych, które pojawiały się późną jesienią, zimą i wczesną wiosną w odstępie od dwóch do czterech lat. Uważa się, że koronawirusy są odpowiedzialne za 10–20 proc. wszystkich przeziębień.