Skubiszewski był szefem dyplomacji w latach. 1989-1993. W 2002 roku został członkiem Papieskiej Akademii Nauk Społecznych.
Działał m.in. w "Solidarności" oraz Wielkopolskim Klubie Politycznym "Ład i Wolność".
Tekę ministra spraw zagranicznych w rządzie Mazowieckiego otrzymał 13 września 1989 r. Później funkcję szefa polskiej dyplomacji pełnił w rządach Krzysztofa Bieleckiego, Jana Olszewskiego oraz Hanny Suchockiej - do października 1993 r., pozostając politykiem bezpartyjnym.
W listopadzie 1990 r. wraz z ówczesnym ministrem spraw zagranicznych RFN Hansem Dietrichem Genscherem podpisał traktat graniczny dotyczący uznania granicy na Odrze i Nysie Łużyckiej. Rok później podpisany został traktat o dobrym sąsiedztwie i przyjaznej współpracy.
Wraz z ówczesnymi ministrami spraw zagranicznych: Niemiec Hansem Dietrichem Genscherem i Francji Rolandem Dumas, zainicjował w latem 1991 r. współpracę w ramach Trójkąta Weimarskiego, jako forum trójstronnych konsultacji politycznych
