Wiele wskazuje na to, że przed morderstwem kapłana przez pięć dni więziono i torturowano na terenie bazy wojsk sowieckich koło Kazunia. W latach 90. oraz 2003-2004 śledztwo prowadził prokurator Andrzej Witkowski. Dwukrotnie odsuwano go od sprawy, zazwyczaj wtedy, gdy udawało mu się zebrać nowy materiał dowodowy. Obecnie śledztwo jest nadal prowadzone przez prokuratorów IPN.
Jednak to Witkowskiemu udało się ustalić wiele nowych faktów dotyczących przebiegu zdarzeń, w wyniku których doszło do śmierci księdza. W sposób fundamentalny podważają one całą dotychczasową wiedzę na temat zamordowania ks. Jerzego. Oficjalna wersja śmierci ks. Popiełuszki była wersją skonstruowaną przez aparat władzy w PRL, a ściślej jego zbrojne ramię, czyli Ministerstwo Spraw Wewnętrznych.
[srodtytul]Spiłowane kajdanki kierowcy[/srodtytul]
19 października 1984 r. ks. Jerzy po zakończeniu mszy w toruńskim kościele wsiadł do swojego volkswagena golfa. Na trasie z Torunia do Warszawy, w okolicy Górska, volkswagen księdza pomimo jego sprzeciwu zatrzymał się przed jadącym za nim fiatem 125p Piotrowskiego. Kapitan i jego koledzy gwałtem wepchnęli księdza Jerzego do bagażnika swojego samochodu. Tymczasem kierowca (Waldemar Chrostowski) z założonymi kajdankami wsiadł do środka, lokując się obok kierowcy.
Po drodze w trakcie jazdy udało mu się, nie ponosząc żadnych obrażeń, rzekomo wyskoczyć z pędzącego fiata 125p. Jak później ustalił prokurator Witkowski, kajdanki były spiłowane i umożliwiały wyzwolenie się z nich, zaś uszkodzona w trakcie skoku z samochodu poła marynarki została odcięta ostrym narzędziem.
