Do rekonstrukcji doszło formalnie 6 października, gdy nowi ministrowie zostali zaprzysiężeni przez prezydenta. W jej efekcie liczba resortów zmniejszyła się z 20 do 14, a Jarosław Kaczyński został wicepremierem. Pociągnęło to za sobą skutki prawne. Rząd wydawał rozporządzenia o tworzeniu, zniesieniu lub przekształceniu resortów, a premier Mateusz Morawiecki – zmieniające zakres działania poszczególnych ministrów.
A żeby przekształcane bądź likwidowane resorty mogły pracować w okresie przejściowym, ich szefowie zaczęli zawierać porozumienia dotyczące dysponowania tzw. częściami budżetowymi. Na przykład Ministerstwo Rozwoju, Pracy i Technologii, które przejęło dział „praca" od Ministerstwa Rodziny i Polityki Społecznej, podpisało z tym drugim dokument upoważniający je do zajmowania się tym działem do końca grudnia.
Podobne porozumienie, dotyczące działu „rybołówstwo", zawarło Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi z Ministrem Infrastruktury. A jeszcze przed rekonstrukcją, bo w kwietniu 2020 roku, resort środowiska, zlikwidowany zresztą po kilku miesiącach, zawarł z resortem klimatu porozumienie uprawniające ten drugi do obsługi części „środowisko".
I właśnie takie praktyki krytykuje NIK jako wątpliwe i nieprzejrzyste. „Żaden przepis prawa powszechnie obowiązującego nie przewiduje możliwości zawierania porozumień pomiędzy dysponentami części budżetowych, na mocy których możliwe byłoby powierzanie dysponowania całością lub fragmentem części budżetowych" – pisze Izba. I dodaje, że chaos był potęgowany tym, że „pomimo ustanowienia nowych dysponentów w zakresie przywołanych wyżej części budżetowych przypisane im zadania były niekiedy realizowane przez innych, w większości dotychczasowych dysponentów w oparciu o porozumienia zawarte bez podstawy prawnej".
Na tym nie kończą się kontrowersje wokół zmian w rządzie. NIK krytykuje też kilka rozporządzeń, które wydał Mateusz Morawiecki w celu wykonania przepisów nowelizacji ustawy o działach administracji rządowej z początku 2020 roku, związanej ze zmianami w architekturze Rady Ministrów dokonanymi po wyborach. Premier dokonał w nich przeniesień wydatków budżetowych, a nadawano im zaskakującą moc wsteczną wynoszącą nawet dziesięć miesięcy.
