Rzadko się zdarza, by zmiany prawne i działania regulatorów budziły tak duże emocje jak te związane z rynkiem aptecznym. W ostatnim czasie opublikowano serię artykułów, które dotyczyły przede wszystkim kontrowersyjnego zakazu reklamy aptek. Innym krytykowanym rozwiązaniem jest odmowa wydawania zezwolenia na prowadzenie apteki wnioskodawcy, który kontroluje bezpośrednio lub poprzez grupę kapitałową ponad 1 proc. aptek w danym województwie. Oba rozwiązania krytykowane są za zbyt daleko idące i nieuzasadnione ograniczanie swobody działalności gospodarczej, sprzeczne z konstytucją i prawem unijnym.