Istnienie Funduszu Kościelnego nie jest przywilejem, ale wynika ze zobowiązań III RP, która przejęła własność odebraną Kościołowi Katolickiemu przez komunistów. Komisja Majątkowa przekazała Kościołowi odszkodowanie zasadniczo tylko za to, co zostało wywłaszczone z pogwałceniem prawa komunistycznego. Własność odebrana zgodnie z przepisami powojennymi miała być zwrócona na gruncie ustawy reprywatyzacyjnej. Warto przypomnieć, że jeszcze w 2008 roku rząd Donalda Tuska prowadził z przedstawicielami Kościoła w tej kwestii negocjacje.
Minister Boni zapowiedział, że rząd planuje likwidację Funduszu Kościelnego, ale jednocześnie „szanując misję społeczną Kościoła" proponuje umożliwienie odpisu od podatku dochodowego w wysokości 0,3%. Problem w tym, że misja Kościoła nie ma nic wspólnego z istnieniem Funduszu. Reżim komunistyczny odebrał Kościołowi majątek olbrzymiej wartości, a po 1989 roku majątek ten został przejęty przez rządy III RP, które wciąż czerpią z niego pożytki. Fundusz nie jest więc przywilejem czy formą subsydiowania Kościoła przez państwo, lecz stanowi jedynie formę rekompensaty za odebraną własność.
Likwidacja przywilejów feudalnych
Kościół Katolicki został pozbawiony własności mocą wielu ustaw, dekretów i często formalnie nielegalnych decyzji administracyjnych. We wrześniu 1944 roku, w momencie wprowadzania dekretu o reformie rolnej, komuniści jeszcze obawiali się Kościoła - reforma nie objęła więc własności kościelnej. Dotyczył jej już natomiast dekret o wywłaszczeniu lasów z grudnia 1944 roku, a następnie ustawa o nacjonalizacji przemysłu z roku 1946. Wreszcie, znakomita większość kościelnych gruntów rolnych została odebrana ustawą z 20 marca 1950 roku o „przejęciu przez Państwo dóbr martwej ręki, poręczeniu proboszczom posiadania gospodarstw rolnych i utworzeniu Funduszu Kościelnego". Preambuła tej ustawy ogłaszała wywłaszczenie dóbr kościelnych w celu „usunięcia pozostałości przywilejów obszarniczo-feudalnych". Likwidacja tych „przywilejów feudalnych" oznaczała przejęcie własności Kościoła bez odszkodowania.
Szacuje się, że w obecnych granicach Polski bezpośrednio po wojnie Kościół był właścicielem około 170 000 hektarów ziemi. Według oficjalnych danych z 1951 roku na mocy ustawy z 1950 roku Kościołowi odebrano 90 000 hektarów. Ks. prof. Dariusz Walenciak, jeden z najlepszych specjalistów tym zakresie, całość ziemi odebranej po wojnie Kościołowi oszacował na 140 000 hektarów. Oczywiście poza gruntami instytucjom kościelnym odebrano również olbrzymi majątek w postaci nieruchomości miejskich czy przemysłowych.
Ustawa z 1950 roku przewidywała, że w celu „materialnego zabezpieczenia duchowieństwa" powstanie Fundusz Kościelny, do którego miały wpływać dochody z dóbr zabranych podmiotom kościelnym. Dochody te miały być przeznaczone nie tylko na zabezpieczenie społeczne księży, ale również na utrzymanie budynków kościelnych. Ustawa wyraźnie zobowiązywała ministra rolnictwa do oszacowania dochodu z odebranych dóbr, lecz przepisy te nigdy nie zostały wykonane. W okresie PRL-u na mocy arbitralnych decyzji politycznych pewne środki były co prawda przekazywane do Funduszu, lecz służyły głównie na wsparcie księży lojalnych wobec władzy komunistycznej, w szczególności tak zwanych „księży patriotów". Fundusz zaczął realnie funkcjonować dopiero po 1989 roku. Oczywiście do dziś przekazywane do niego kwoty są oparte na decyzjach politycznych, a nie na szacunkach dochodów z odebranego majątku.