W Systemie Informacji Medycznej mają znaleźć się także informacje o alergiach czy grupie krwi przyjętego pacjenta. Największe kontrowersje wzbudził jednak fakt, że personel będzie zbierał informacje o ciążach oraz stosowanej antykoncepcji w postaci wkładki domacicznej. Przez przeciwników działanie to zostało określone mianem wprowadzenia w życie "rejestru ciąż".
Ministerstwo Zdrowia tłumaczyło jednak, że celem rozporządzenia jest zwiększenie dostępności informacji, które mają usprawnić pracę personelu medycznego, ułatwić obied dokumentacji medycznej i ograniczyć koszt jej udostępniania, argumentem resorstu było również to, że jedynie medycy mają mieć dostęp do systemu.